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轉(zhuǎn)錄組Plus | 2020年9月研究進展（一）：蒙古人肝癌、胰腺癌、果實發(fā)育、豬基因組印記等

發(fā)稿時間：2020-09-16來源：天昊生物

題目：The genomic landscape of Mongolian hepatocellular carcinoma

蒙古人的肝細胞癌基因組景觀研究

發(fā)表期刊：Nat Commun.

發(fā)表時間：2020-9-1

影響因子：12.121

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蒙古是世界上肝細胞癌（HCC）發(fā)病率最高的國家，但其致病因素和潛在的腫瘤生物學機制仍然未知。在這里，研究者通過全外顯子組和轉(zhuǎn)錄組測序描述了76名蒙古族患者的HCC分子特征（在蒙古HCC隊列的76名受試者中，我們從65名受試者中獲得了癌與癌旁的RNA測序和全外顯子組測序數(shù)據(jù)集。對于5名受試者，僅獲得RNA測序數(shù)據(jù)用于下游分析。同樣，對于6位受試者，僅獲得全外顯子組測序數(shù)據(jù)用于下游分析）。作者對蒙古族與其他373名不同種族等肝癌患者的突變特征、驅(qū)動基因和分子亞型進行了綜合分析及比較。蒙古HCC患者由與亞洲、歐洲和北美其他地區(qū)患者相似的預后分子亞型以及獨特的亞型組成，表明存在與蒙古患者相關的獨特病因。除了在泛癌種分析中經(jīng)常發(fā)現(xiàn)的常見驅(qū)動突變（TP53、CTNNB1）之外，蒙古HCC患者表現(xiàn)出獨特的驅(qū)動突變（最引人注目的是GTF2IRD2B，PNRC2和SPTA1），后者與D型肝炎病毒感染有關。這些結(jié)果表明蒙古人HCC發(fā)生過程中存在新的分子機制。

題目：Immune landscape, evolution, hypoxia-mediated viral mimicry pathways and therapeutic potential in molecular subtypes of pancreatic neuroendocrine tumours

免疫景觀、進化、缺氧介導的病毒模擬途徑和胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤分子亞型的治療潛力

發(fā)表期刊：Gut

發(fā)表時間：2020-9-3

影響因子：19.819

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目的：根據(jù)臨床病理參數(shù)和先前定義的分子亞型，對胰腺神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤（PanNETs）的免疫狀況進行全面分析，以鑒定該疾病的潛在治療弱點。

設計：對207個PanNET樣本進行了600個免疫相關基因的差異表達分析，包括一個訓練隊列(n=72)和來自多個轉(zhuǎn)錄組分析平臺的兩個驗證隊列(n=135)。使用不同的計算方法研究了不同的免疫相關和亞型相關的表型，細胞類型和途徑，并使用空間多重免疫熒光進一步進行了驗證。結(jié)果：該研究根據(jù)四種先前定義的分子亞型（轉(zhuǎn)移樣原發(fā)性（MLP）-1和MLP-2，胰島素瘤樣和中間型）鑒定了132個分離PanNET的基因（n = 207）的免疫特征。MLP-1亞型（三個隊列中的樣本占26％-31％）與免疫相關基因水平升高、預后不良和一系列腫瘤進化事件密切相關。較大的缺氧性和壞死性腫瘤導致?lián)p傷相關分子模式(病毒擬態(tài))增加、干擾素基因途徑的刺激因子、T細胞炎癥基因、免疫檢查點靶點以及T細胞介導和M1巨噬細胞介導的免疫逃逸機制。多重空間分析驗證了MLP-1亞型中巨噬細胞顯著增加。

結(jié)論：這項研究為PanNETs的免疫微環(huán)境提供了新的數(shù)據(jù)，并將MLP-1亞型鑒定為具有免疫相關基因的廣泛而穩(wěn)定激活的免疫高表型。這項研究經(jīng)過進一步完善，為將來在PanNETs中進行精確免疫治療研究鋪平了道路。

題目：Fruit setting rewires central metabolism via gibberellin cascades

坐果通過赤霉素級聯(lián)對中心代謝進行重新調(diào)配

發(fā)表期刊：PNAS

發(fā)表時間：2020-9-3

影響因子：9.412

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坐果是子房在授粉和受精后發(fā)育成果實的過程。在番茄中這一過程是由植物激素赤霉素誘導的。然而，赤霉素在坐果代謝過程中的作用仍是未知的。本研究整合轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組和酶活性數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡分析，探討了坐果的生化機制。本研究結(jié)果顯示，坐果涉及到中心碳代謝的激活，增加了己糖、磷酸己糖和下游代謝物，包括糖酵解的中間產(chǎn)物和衍生物、三羧酸循環(huán)以及相關的有機物和氨基酸。網(wǎng)絡分析還確定了調(diào)節(jié)代謝激活的轉(zhuǎn)錄中樞基因SlHB15A。此外，蔗糖代謝的動力學模型預測，蔗糖循環(huán)在未授粉的子房中具有高活性水平，而當糖在坐果子房的液泡中快速積累時，通過液泡糖載體以時間依賴的方式停止。此外，坐果至少部分需要果糖激酶的活性，它可以將果糖從液泡中拉出，這可以為下游途徑提供營養(yǎng)?？偟膩碚f，本研究表明遺傳級聯(lián)通過在轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后水平上調(diào)中樞代謝酶的能力來增強庫容量。這導致蔗糖吸收和碳通量的增加，從而產(chǎn)生生物量和能量的成分，這對于在坐果開始期間子房的快速生長是至關重要的。

題目：R2R3-MYB genes control petal pigmentation patterning in Clarkia gracilis ssp. sonomensis (Onagraceae)R2R3-MYB

基因控制著Clarkia gracilis的花瓣色素沉積模式

發(fā)表期刊：New Phytol.

發(fā)表時間：2020-9-3

影響因子：8.512

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花瓣色素沉積模式在開花植物中很普遍。這些模式的遺傳學對于理解表型多樣化的進化具有極大的作用。在這里，作者研究了在彩色背景下導致未著色花瓣元素進化的遺傳變化。研究使用轉(zhuǎn)錄組分析、基因表達分析、F2植物中的共分離和功能測試來鑒定參與Clarkia gracilis花瓣著色的基因。研究者鑒定了一個R2R3-MYB轉(zhuǎn)錄因子(CgsMYB12)，它負責花瓣基部區(qū)域的花青素色素沉積。此外還發(fā)現(xiàn)兩個R2R3-MYB基因(CgsMYB6和CgsMYB11)也參與花瓣背景色素沉積。這三個R2R3-MYB基因中的每一個都表現(xiàn)出不同的時空表達模式。這些R2R3-MYB基因的功能通過穩(wěn)定轉(zhuǎn)化擬南芥得到證實。R2R3-MYB表達的不同空間模式創(chuàng)造了花瓣不同部分的色素沉積可以獨立進化的可能性。這一發(fā)現(xiàn)表明，最近的基因復制對花瓣色素沉積模式的進化至關重要。

題目：The Landscape of Genomic Imprinting at the Porcine SGCE/PEG10 Locus from Methylome and Transcriptome of Parthenogenetic Embryos

利用甲基化組和轉(zhuǎn)錄組測序分析豬孤雌胚胎SGCE/PEG10位點的基因組印記

發(fā)表期刊：G3 (Bethesda).

發(fā)表時間：2020-9-2

影響因子：2.781

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在哺乳動物中，印記基因通常以簇的形式存在于特定的染色體區(qū)域。然而，在豬中已經(jīng)鑒定了相對較少的基因和簇的基因組印記，并且需要研究可能的印記簇內(nèi)或附近的基因，這就包括在SGCE/PEG10基因座的基因。本研究的目的是利用豬孤雌生殖胚胎，研究第9號染色體上COL1A2和ASB4基因之間基因組區(qū)域內(nèi)基因的印跡狀態(tài)。對正常胚胎和孤雌胚胎進行了全基因組亞硫酸氫鹽測序(WGBS)和RNA測序(RNA-seq)，并對甲基化組和轉(zhuǎn)錄組進行了分析。結(jié)果，胚胎間的差異甲基化區(qū)域(DMRs)被鑒定，親本等位基因特異性表達的SGCE和PEG10基因被證實。豬的印記間隔在SGCE和PEG10之間是有限的，因為在著絲粒近端區(qū)域的COL1A2和CASD1基因以及在靠近端粒的PPP1R9A和ASB4之間的基因都是非印記的和雙等位基因表達的。因此，作者對甲基化組、轉(zhuǎn)錄組和信息的多態(tài)性聯(lián)合分析揭示了豬9號染色體SGCE/PEG10位點的印記簇邊界，鞏固了豬基因組印記的格局。

天昊生物具有豐富的轉(zhuǎn)錄組相關多組學聯(lián)合分析，以及全轉(zhuǎn)錄組測序和qRT-PCR檢測經(jīng)驗，研究者致力于為研究者提供“一站式”高質(zhì)量的科研策略咨詢、實驗技術(shù)服務和遺傳數(shù)據(jù)分析服務，期待成為大家科研工作中的“昊”助手與“昊”伙伴。歡迎聯(lián)系研究者具體咨詢！