原來靶向代謝組+它才是黃金搭檔，現(xiàn)在知道還不晚！

發(fā)稿時(shí)間：2020-09-08來源：天昊生物

近年來，隨著研究的深入，與表型聯(lián)系緊密的代謝組學(xué)得到越來越廣泛的應(yīng)用，目前發(fā)現(xiàn)很多代謝物與特定疾病密切相關(guān)，例如短鏈脂肪酸與腸道疾病、代謝類疾病以及神經(jīng)系統(tǒng)疾?。?/span>TMAO與心血管疾?。荒懼崤c肝膽疾病以及精神疾??；神經(jīng)遞質(zhì)與神經(jīng)系統(tǒng)疾病以及腸道疾??；氨基酸與精神疾病以及免疫疾病密切相關(guān)，基于此背景，目前針對(duì)特定疾病腸道菌群的研究模式已經(jīng)由單一的微生物組測(cè)序向腸道菌群-疾病相關(guān)特定代謝物-宿主的多層次研究模式轉(zhuǎn)變，打個(gè)比方，如果想研究心血管疾病與腸道菌群的關(guān)系，從技術(shù)手段上來說可以采用擴(kuò)增子測(cè)序或宏基因組測(cè)序（篩選組間差異微生物）+心血管疾病相關(guān)代謝物（TMAO）靶向代謝組（篩選組間差異TMAO）這樣精準(zhǔn)到位的聯(lián)合方案，當(dāng)然也可以采用擴(kuò)增子測(cè)序或宏基因組測(cè)序（篩選組間差異微生物）+非靶向代謝組（廣泛篩選組間差異代謝物）+靶向代謝組（驗(yàn)證組間差異代謝物）這樣逐級(jí)驗(yàn)證的聯(lián)合方案，但是不管怎樣，非靶標(biāo)代謝組因?yàn)橹荒軐?duì)代謝物進(jìn)行相對(duì)定量檢測(cè)，所以只能作為初步篩選的工具，而靶向代謝組因其可做到絕對(duì)定量才是點(diǎn)睛之筆，因此其也是代謝組高分文章的必備工具，但是需要注意的是靶向代謝組可以做到精準(zhǔn)定量，那么與之聯(lián)合的微生物組測(cè)序也必須做到絕對(duì)定量才可以使最終得到的代謝物-菌群相關(guān)性分析結(jié)論是真實(shí)可靠的，如果代謝物是絕對(duì)定量分析，微生物是相對(duì)定量分析，就會(huì)因?yàn)槲⑸锵鄬?duì)定量分析可能造成的假因果導(dǎo)致最終的相關(guān)性結(jié)論有可能存在錯(cuò)誤，因此，我們強(qiáng)烈推薦基于物種絕對(duì)定量（天昊擴(kuò)增子絕對(duì)定量測(cè)序）和代謝物絕對(duì)定量（靶向代謝組）進(jìn)行相關(guān)性分析，下面我們就給大家展示一下我們推薦的理由。

◆靶向代謝組：該方法是向樣本中加入標(biāo)準(zhǔn)品，進(jìn)行代謝組檢測(cè)，再根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)品濃度和峰面積繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線，然后基于標(biāo)準(zhǔn)曲線將目標(biāo)代謝物的峰面積轉(zhuǎn)化為濃度，從而得到樣本中代謝物的絕對(duì)濃度。

◆擴(kuò)增子絕對(duì)定量測(cè)序：該方法通過向樣品中加入標(biāo)準(zhǔn)品，進(jìn)行擴(kuò)增子測(cè)序，再根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)品序列的序列數(shù)及其16S rRNA絕對(duì)拷貝數(shù)繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線，然后基于標(biāo)準(zhǔn)曲線將樣品中物種的序列數(shù)轉(zhuǎn)化成16S rRNA基因拷貝數(shù)，從而得到樣本中物種的絕對(duì)豐度。

小結(jié)：從以上描述可以看出，兩種技術(shù)都是基于添加標(biāo)準(zhǔn)品，構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)曲線，基于標(biāo)準(zhǔn)曲線得到微生物或代謝物的絕對(duì)豐度或濃度，原理類似，都能夠進(jìn)行絕對(duì)定量分析。

●靶向代謝組：常見樣本類型包括體液（血清、血漿、唾液、痰液、肺泡灌洗液、生殖道液、瘤胃液、膽汁、尿液、腦脊液等）；常見組織（腸黏膜組織、肝臟、膽囊、心臟、腎臟、腦、肌肉、胸腺、子宮內(nèi)膜、脂肪等）；糞便、腸道內(nèi)容物、糞便發(fā)酵液、堆肥；細(xì)胞；牛乳、酸奶、酒糟等；植物葉片、根、果實(shí)、種子、花等；土壤、污泥、污水、海水、沉積物。

●擴(kuò)增子絕對(duì)定量測(cè)序：常見樣本類型包括糞便、腸道內(nèi)容物、糞便發(fā)酵液、堆肥；體液（唾液、痰液、肺泡灌洗液、生殖道液、瘤胃液等）；組織（腸黏膜組織等）；牛乳、酸奶、酒糟等食品樣本；土壤、污泥、污水、海水、沉積物等。

小結(jié)：從以上描述可以看出，靶向代謝組樣本檢測(cè)范圍是涵蓋了擴(kuò)增子絕對(duì)定量測(cè)序樣本檢測(cè)范圍的，沒有重疊的樣本主要是其所含有的微生物量較低，不易進(jìn)行擴(kuò)增子絕對(duì)定量測(cè)序，例如血清、血漿，實(shí)際上以上樣本也不是微生物組其它技術(shù)（例如宏基因組）檢測(cè)的常見樣本類型，因?yàn)檫@些樣本中的代謝物有相當(dāng)一部分來自于腸道菌群的代謝產(chǎn)物，所以這些樣本的代謝物往往和腸道菌群而不是和這些樣本自身菌群進(jìn)行相關(guān)性分析，這種聯(lián)合可以研究腸道菌群和宿主的互作關(guān)系。

通過以上的總結(jié)，我們可以看出靶向代謝組和天昊創(chuàng)新型擴(kuò)增子絕對(duì)定量測(cè)序技術(shù)高度契合，在未來的腸道菌群-代謝物-宿主研究中我們可以將兩者搭配使用，從而可以獲得更加真實(shí)可靠的結(jié)果。

各位看官讀完上述文章，如果有聯(lián)合開展靶向代謝組+擴(kuò)增子絕對(duì)定量測(cè)序的想法，那就請(qǐng)聯(lián)系天昊生物吧！天昊生物是國內(nèi)唯一一家提供 “微生物16S擴(kuò)增子絕對(duì)定量測(cè)序”技術(shù)的服務(wù)商，同時(shí)天昊生物在短鏈脂肪酸類、中長鏈脂肪酸類、TMAO類、氨基酸類、神經(jīng)遞質(zhì)類等靶向代謝組檢測(cè)方面也具有很豐富的經(jīng)驗(yàn)，歡迎聯(lián)系我們具體咨詢。

代謝組相關(guān)鏈接：

1.干貨 | 代謝組樣本采集方法集萃（一）；

2.代謝組入門一問一答（三）；

3.代謝組入門一問一答（二）；

4.代謝組入門一問一答（一）；

5.Microbiome：腸道菌群ClpB基因功能與減肥和特征性微生物群有關(guān)；

6.Nature Microbiology：N-?；掖及房梢允菇】的c道菌群轉(zhuǎn)化成類似IBD患者腸道菌群；

7.mSystems：自閉癥兒童腸道谷氨酸代謝的變化與腸道微生物組成變化相關(guān)；

8.[昊閱讀] 腸道菌群失調(diào)導(dǎo)致高血壓的發(fā)生；

擴(kuò)增子絕對(duì)定量測(cè)序相關(guān)鏈接：