【昊文章】天昊合作客戶circRNA m6A修飾新文章

發(fā)稿時間：2020-08-14來源：天昊生物

前言   2019年底我們曾總結過circRNA m6A修飾相關資料和研究思路（鏈接：circRNA m6A修飾文獻總結及思路分析），其中2019年國自然項目中涉及到環(huán)狀RNA m6A修飾的基金共有11項，預計2020年相關的基金仍會大漲。 2020年以來circRNA m6A修飾相關的文獻也有了大幅的增長，共計約20篇。 包括3月份Cell Research報道稱：在雄性生殖細胞中發(fā)現(xiàn)了m6A修飾參與到一些具有編碼功能的circRNA的生成過程中，并且揭示了這些circRNA穩(wěn)定和持久的蛋白產(chǎn)生的潛在機制（doi: 10.1038/s41422-020-0279-8）。 而Molecular Cancer多篇綜述文章總結了circRNA（或noncoding RNA）與m6A修飾之間的聯(lián)系（doi: 10.1186/s12943-020-01224-3；doi: 10.1186/s12943-020-01207-4；doi: 10.1186/s12943-020-01233-2）。

近日，天昊合作客戶浙江省人民醫(yī)院消化內(nèi)科潘文勝主任課題組在Epigenomics雜志上發(fā)文報道了低分化胃腺癌中差異表達的circRNA，并且初步分析了這些circRNA的m6A修飾水平。

作者首先利用circRNA芯片在低分化胃腺癌（PDGA）癌組織中發(fā)現(xiàn)了65個差異表達的circRNAs，并對這些circRNA的分布和長度特征進行了分析（圖1）。本研究中在發(fā)現(xiàn)和驗證階段使用的臨床樣本數(shù)及臨床信息如表1所示。

進而利用qPCR在胃癌組織中（包括不同分化程度樣本）對部分差異的circRNA進行驗證，發(fā)現(xiàn)circRNA差異表達趨勢與芯片結果一致（圖2）；而且在4種胃癌細胞系中進一步驗證了這些circRNA的表達水平，PCR產(chǎn)物驗證證實了circRNA具有反向剪接位點（圖3）。

為了評估所選circRNA對胃癌的診斷潛力，作者對每個circRNA進行了ROC曲線分析，發(fā)現(xiàn)has_circ_0077837更可能作為胃癌和低分化胃腺癌診斷標志物（圖4）。

為了研究所選circRNA的潛在功能，研究人員對其靶基因進行了GO分析，主要富集的GO條目如圖5。KEGG通路富集分析如圖6所示。

考慮到m6A修飾作為轉(zhuǎn)錄后修飾方式精細調(diào)控著基因表達，首先利用SRAMP網(wǎng)站（http://www.cuilab.cn/sramp）對這些差異表達的circRNA潛在的m6A修飾位點進行預測，多個circRNA具有高可信度的m6A修飾位點。利用MeRIP-qPCR對這些circRNA的m6A修飾進行驗證，發(fā)現(xiàn)多數(shù)circRNA的m6A修飾水平在腫瘤組織中具有顯著差異（圖7A），而且m6A修飾水平和circRNA表達水平具有顯著相關性（圖7B、C）。這些結果顯示m6A修飾可能影響這些circRNA的表達差異。

總結來看

這項研究初步發(fā)現(xiàn)了在胃癌和低分化胃腺癌中部分差異表達的circRNA同時存在轉(zhuǎn)錄后m6A修飾的差異。然而為什么存在m6A修飾的差異？這些差異修飾的circRNA會在低分化胃腺癌或胃癌中發(fā)揮什么樣的功能？轉(zhuǎn)錄后的修飾如何影響這些circRNA的表達水平？這些問題可能是課題組后續(xù)研究探索的方向，期待潘文勝主任課題組更多的發(fā)現(xiàn)。

天昊生物具有多年基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀組等多組學檢測與分析的經(jīng)驗，m6A RNA甲基化作為表觀領域的一大熱點，天昊生物自主設計了m6A調(diào)控因子（writers/erasers/readers）差異表達分析檢測panel，還可以提供m6A修飾整體水平定量檢測，并結合MeRIP-seq和RNA-seq挖掘受m6A調(diào)控因子影響的下游靶點，同時可對相關的靶點進行MeRIP-qPCR驗證。生信團隊亦可提供個性化的m6A數(shù)據(jù)庫挖掘與生信分析內(nèi)容。

相關鏈接：

Cell報道YTHDF蛋白調(diào)控m6A新的作用模式！；

2020年5月m6A RNA甲基化文章集錦；

Gut：SNP介導m6A修飾影響基因表達和腫瘤進展；

腸道菌群影響宿主的m6A修飾：3月m6A文章一覽；

EJHF——心臟組織m6A測序文章分享；

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