【昊閱讀】人人都愛的不做實驗發(fā)文章思路。別忘了結(jié)合自己的樣本驗證，文章可以飛得更高哦！

發(fā)稿時間：2020-07-08來源：天昊生物

研究思路也給你安排上！

01

SNP相關生信文章

Exploration and detection of potential regulatory variants in refractive error GWAS.影響因子：3.998PMID：27604318期刊年卷：Sci Rep 2016 09 08;6DOI：10.1038/srep33090 

總結(jié)：知道了這三個數(shù)據(jù)庫，SNAP (http://www.broad.mit.edu/mpg/snap)13, RegulomeDB (http://regulomedb.org)6 and HaploReg (http://compbio.mit.edu/HaploReg)，我和作者之間還有什么差距？？（相關鏈接：HaploReg數(shù)據(jù)庫14分鐘視頻教程：是時候讓網(wǎng)頁幫我挖掘下SNP的調(diào)控功能了）

In silico genome-wide identification of m6A-associated SNPs as potential functional variants for periodontitis.影響因子：4.522PMID：31245852期刊年卷：J. Cell. Physiol. 2020 Feb;235(2)

總結(jié)：只要是能下載一個疾病GWAS的統(tǒng)計總結(jié)數(shù)據(jù)，就能立馬乘風破浪來篇這樣的文章！M6AVAR數(shù)據(jù)庫：（相關鏈接：【昊工具】m6AVar數(shù)據(jù)庫：又一個熱點，前沿的寶藏數(shù)據(jù)庫）

02

m6A相關生信文章

Gene signatures and prognostic values of m6A regulators in clear cell renal cell carcinoma - a retrospective study using TCGA database.影響因子：4.831PMID：30877265期刊年卷：Aging (Albany NY) 2019 03 15;11(6)
1 、數(shù)據(jù)來源與分析目標

2、  528名患者，發(fā)生點突變的少，發(fā)生CNV的多。m6A “reader” 基因YTHDC2 發(fā)生CNV的樣本最多 (55.11%, 291/528) ，其次是m6A  “reader” 和 “writer” 基因METTL3 (30.11%, 159/528)。

圖：528名患者突變譜圖（突變樣本少）和各基因CNV樣本的占比

3 、CNV與基因表達相關，拷貝數(shù)增加表現(xiàn)mRNA表達增加，拷貝數(shù)缺失表現(xiàn)為mRNA表達降低

4、 生存分析，提示部分調(diào)控基因CNV拷貝數(shù)缺失（YTHDC1、METTL14和METTL3）的患者有較差的預后。erasers功能基因的拷貝數(shù)增加、writers功能基因的拷貝數(shù)缺失與患者的不良預后相關。

5 、結(jié)合以上結(jié)果，提示METTL3基因的重要性。研究者對患者分組，選出METTL3高表達和METTL3低表達樣本，進行基因組mRNA的差異分析。對獲得的差異基因進行功能GSEA富集分析。結(jié)果提示METTL3的（缺失）低表達與多種重要的腫瘤生物學信號通路有關，主要為脂質(zhì)合成途徑、mTOR信號通路、異物代謝途徑和活性氧途徑。

總結(jié)：沒有挖過m6A調(diào)控基因CNV的腫瘤樣本，都值得一挖！

03

CeRNA相關生信文章

Comprehensive bioinformatics analysis of mRNA expression profiles and identification of a miRNA-mRNA network associated with lupus nephritis.影響因子：2.251PMID：32437257期刊年卷：Lupus 2020 Jul;29(8)

總結(jié)：GEO數(shù)據(jù)庫是個大寶藏!（相關鏈接：GEO挖掘操作學起來：如何對GEO數(shù)據(jù)進行差異分析）