如何使用Rstudio練習(xí)R基礎(chǔ)教程

發(fā)稿時(shí)間：2020-06-15來源：天昊生物

 

昨天發(fā)表《R相關(guān)軟件及R包安裝》后，我們后臺(tái)就收到了大量獲取軟件的回復(fù)，有很多初學(xué)者也下載了R相關(guān)軟件，與此同時(shí)小編也收到部分客戶練習(xí)heatmap的過程當(dāng)中反應(yīng)加載包和讀取文件有報(bào)錯(cuò)的情況，相信其他人可能也會(huì)遇到這個(gè)問題。萬事開頭難，從入門到放棄，你也許只是沒有趁手的工具而已（或者工具的使用熟練度不夠）。本著扶上馬，送一程的精神，小編以heatmap這篇文章為例，總結(jié)了一個(gè)使用Rstudio練習(xí)R的教程，拿走不謝。

一 獲取源碼和數(shù)據(jù)

1. 在天昊生物公眾號(hào)回復(fù)heatmap，獲取數(shù)據(jù)

代碼和數(shù)據(jù)下載：鏈接：https://pan.baidu.com/s/1L2B_DDUUvfYzifjgxAb4fg提取碼：mbk2
2. 下載數(shù)據(jù)

二使用Rstudio

1. 導(dǎo)入下載的r文件File -> Open File -> 點(diǎn)擊文件 【零基礎(chǔ)學(xué)繪圖】之繪制heatmap圖（三）.r -> 點(diǎn)擊open ,如下圖所示

2. 確認(rèn)下載文件的絕對(duì)路徑如下圖所示，文件下載到桌面，路徑是C:UsersAdministratorDesktopheatmap

【零基礎(chǔ)學(xué)繪圖】之繪制heatmap圖（三）.r ：R 腳本文件

Differential_Expression_Genes.txt ：基因表達(dá)量數(shù)據(jù)

gene_group.txt：基因分組信息

sample_group.txt：樣品分組信息

3. 修改工作路徑

代碼不能運(yùn)行成功，很大的可能是因?yàn)楣ぷ髀窂讲粚?duì)，這里我們?cè)谠创a前幾行先確認(rèn)一下工作路徑，看是否需要修改。確認(rèn)工作目錄：輸入getwd(), Ctrl + Enter 鍵運(yùn)行該命令，發(fā)現(xiàn)工作目錄是 "C:/Users/Administrator/Documents"，不是腳本所在目錄；切換目錄：輸入setwd('C:/Users/Administrator/Desktop/heatmap'),切換成腳本所在目錄；再次確認(rèn)工作目錄：輸入getwd()，確認(rèn)目錄已經(jīng)是腳本所在目錄了。

這一步主要是確認(rèn)后續(xù)使用read.table命令，能在當(dāng)前讀取到文件Differential_Expression_Genes.txt注意輸入法全程要用英文。目錄是 / ，而不是 。示例中的 library(pheatmap) 如果出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)，install.packages('pheatmap') 先安裝該包
4. 依次運(yùn)行代碼

如下圖所示，對(duì)剩余代碼依次按鍵盤 Ctrl + Enter

5. 體驗(yàn)逐步運(yùn)行的過程，理解代碼

第4步依次運(yùn)行，基本不會(huì)出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)。但是如何理解每一步執(zhí)行的目的，這里我們可以結(jié)合之前寫的參考文章去理解,文章鏈接點(diǎn)擊下圖方框部分。

往期相關(guān)鏈接：

R相關(guān)軟件及R包安裝；

【繪圖進(jìn)階】之交互式可刪減分組和顯示樣品名的PCA 圖（三）；

【繪圖進(jìn)階】之繪制PCA biplot圖(二)；

【進(jìn)階篇繪圖】之帶P值的箱體圖、小提琴圖繪制（一）；

3分鐘學(xué)會(huì)CHIP-seq類實(shí)驗(yàn)測(cè)序數(shù)據(jù)可視化 —IGV的使用手冊(cè)；

10分鐘搞定多樣性數(shù)據(jù)提交，最快半天內(nèi)獲取登錄號(hào)，史上最全的多樣性原始數(shù)據(jù)提交教程；

【零基礎(chǔ)學(xué)繪圖】之繪制venn圖（五）；

【W(wǎng)GS服務(wù)升級(jí)】人工智能軟件SpliceAI助力解讀罕見和未確診疾病中的非編碼突變；

【零基礎(chǔ)學(xué)繪圖】之繪制barplot柱狀圖圖（四）；

【零基礎(chǔ)學(xué)繪圖】之繪制heatmap圖（三）；

20分鐘搞定GEO上傳，史上最簡單、最詳細(xì)的GEO數(shù)據(jù)上傳攻略；

【零基礎(chǔ)學(xué)繪圖】之繪制PCA圖（二）；

【零基礎(chǔ)學(xué)繪圖】之a(chǎn)lpha指數(shù)箱體圖繪制（一）；

如果您對(duì)本文案介紹的方法或代碼有疑問，

請(qǐng)掃碼添加QQ群溝通

【本群將為大家提供】

分享生信分析方案

提供數(shù)據(jù)素材及分析軟件支持

定期開展生信分析線上講座

QQ號(hào)：1040471849