Frontiers in Plant Science |利用SSR標(biāo)記對(duì)南歐樺樹種群的遺傳分析

發(fā)稿時(shí)間：2020-04-17來(lái)源：天昊生物

題目：Genetic Analysis by nuSSR Markers of Silver Birch (Betula pendula Roth) Populations in Their Southern European Distribution Range

利用核SSR標(biāo)記對(duì)南歐地區(qū)銀樺（Betula pendula Roth）種群的遺傳分析

發(fā)表期刊：Frontiers in Plant Science 發(fā)表時(shí)間：2020-3-24 影響因子：4.106

研究?jī)?nèi)容速覽：

在主要分布區(qū)，銀樺的遺傳模式主要由兩種單倍型決定：位于西歐和西北歐的單倍型A和位于東歐和東南歐的單倍型C，其特征是種群內(nèi)高水平的中性遺傳變異和種群間的低分化。缺乏關(guān)于南部邊緣地區(qū)遺傳變異數(shù)量和結(jié)構(gòu)的信息，這些遺傳變異代表了該物種從南部冰川避難所擴(kuò)張時(shí)留下的種群。

該研究的總體目標(biāo)是調(diào)查意大利亞平寧山脈和希臘南部紅頂山脈邊緣種群中物種環(huán)境生態(tài)位的典型氣候特征的存在，以及遺傳構(gòu)成、變異和基因流動(dòng)，并將其與阿爾卑斯山脈和巴爾干半島主要分布區(qū)南部的種群進(jìn)行比較。利用14個(gè)群體的311株樹木的核SSR（nuSSR）標(biāo)記進(jìn)行遺傳分析。環(huán)境分析是在衍生氣候變量的多元分析基礎(chǔ)上進(jìn)行的。分析等位基因模式以評(píng)估遺傳多樣性、群體多樣性和分化、群體結(jié)構(gòu)和基因流動(dòng)。地理和環(huán)境的邊緣性并不總是匹配的，在亞平寧山脈的邊緣種群中，我們觀察到較低的遺傳多樣性和較高的分化，在這些位點(diǎn)周圍檢測(cè)到明顯的遺傳障礙。這些特征在希臘的邊緣種群中沒(méi)有表現(xiàn)出來(lái)。出乎意料的是，意大利南部的邊緣種群顯示出與希臘及分布范圍中心區(qū)域的遺傳聯(lián)系。希臘種群在阿爾卑斯和巴爾干地區(qū)也表現(xiàn)出明顯的基因流動(dòng)。這兩個(gè)邊緣地區(qū)結(jié)果的差異表明，不是地理邊緣性及生態(tài)邊緣性，而是它們作為連續(xù)范圍的一部分或作為分離群體的位置，可能影響到邊緣群體的遺傳多樣性和結(jié)構(gòu)。這一結(jié)果表明，對(duì)于如何管理它們的基因庫(kù)，以及這些種群在維持生物多樣性方面所能發(fā)揮的作用提供了不同的思考角度。

實(shí)驗(yàn)結(jié)果展示

圖1、采樣位置分布圖。

表1、本研究中使用的nuSSR標(biāo)記

圖2、基于統(tǒng)一實(shí)地觀測(cè)的自生態(tài)學(xué)示意圖。MAP: 年平均降水量，MAT: 年平均溫度。

表2、種群間的F_ST配對(duì)比較。

圖3、基于nuSSR的標(biāo)記主成分判別分析（DAPC）散點(diǎn)圖。

圖4、通過(guò)STRUCTURE分析得到的種群結(jié)構(gòu)估計(jì)。通過(guò)STRUCTURE分析得到的估計(jì)種群結(jié)構(gòu)，以8個(gè)nuSSR為基礎(chǔ)。(A) 在14個(gè)種群k=2的種群中，有311個(gè)個(gè)體；(B) 在中部亞平寧半島6個(gè)種群k=5的種群中，有125個(gè)個(gè)體；(C) 在南部亞平寧半島、阿爾卑斯山和巴爾干半島8個(gè)種群k=3的種群中，有186個(gè)個(gè)體；(D) 在意大利半島沿線11個(gè)種群k=5的種群中，有234個(gè)個(gè)體。

圖5、由EDENetworks確定的節(jié)點(diǎn)（采樣點(diǎn)）之間的網(wǎng)絡(luò)線地理圖。線的粗細(xì)和顏色與鏈接強(qiáng)度成正比，節(jié)點(diǎn)的大小與每個(gè)節(jié)點(diǎn)的鏈接數(shù)量成正比。紅色箭頭表示由ADEGENET工具中的Monmonier函數(shù)確定的基因流（gene flow）障礙的位置。

關(guān)于天昊：

天昊生物可以提供SSR分子標(biāo)記的一代毛細(xì)管電泳檢測(cè)，并且基于二代高通量測(cè)序技術(shù)開(kāi)發(fā)出SSRseq^TM專利技術(shù), 可以根據(jù)客戶項(xiàng)目需求，提供不同數(shù)量樣本和位點(diǎn)的高性價(jià)比SSR檢測(cè)服務(wù)。

公司網(wǎng)址：http://www.geneskybiotech.com/index.html

郵箱：[email protected]，電話：400-065-6886

往期精選文章：

想測(cè)SSR，想到創(chuàng)新技術(shù)—SSRseq

實(shí)驗(yàn)停了，發(fā)文章不能停--搭建一個(gè)SSR數(shù)據(jù)庫(kù)，發(fā)篇3.793分文章

祝賀天昊生物SSRseq數(shù)據(jù)分析軟件獲得國(guó)家計(jì)算機(jī)軟件著作權(quán)證書及順利上線

SSR基因分型在人類瘧原蟲多樣性、種群結(jié)構(gòu)和進(jìn)化起源研究中的應(yīng)用

【昊閱讀】利用SSR標(biāo)記分析古代銀杏群體的遺傳多樣性

SSR研究進(jìn)展 12月集錦（一）

SSR研究進(jìn)展 11月集錦（三）

SSR研究進(jìn)展 11月集錦（二）

SSR研究進(jìn)展 11月集錦（一）