10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在植物幼苗細(xì)胞研究中的最新進(jìn)展

發(fā)稿時(shí)間：2020-03-24來源：天昊生物

  

自2019年2月首篇利用10x Genomics的植物根尖單細(xì)胞圖譜“Single-cell RNA sequencing resolves molecular relationships among individual plant cells”發(fā)表在Plant Physiology以來，陸續(xù)有相關(guān)研究見刊Developmental Cell 和Plant Cell。國(guó)內(nèi)第一篇植物10x單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（scRNA-seq）文章也于同年4月由植生所王佳偉研究組發(fā)表在 Molecular Plant上，題為"A single-cell RNA sequencing profiles the developmental landscape of arabidopsis root"。進(jìn)入2020年以來，10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在植物上的應(yīng)用有了新的發(fā)展，已經(jīng)從根尖細(xì)胞發(fā)育拓展到對(duì)植物幼苗地上部分組織細(xì)胞的研究上，相關(guān)研究在線預(yù)發(fā)表在1月和2月bioRxiv上。今天我們就來簡(jiǎn)單看下這兩篇文章。

 

1、題目：Single-cell transcriptome analyses recapitulate the cellular and developmental responses to abiotic stresses in rice

利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析水稻細(xì)胞和發(fā)育對(duì)非生物脅迫的響應(yīng)

發(fā)表期刊：bioRxiv 發(fā)表時(shí)間：2020-1-31 

https://doi.org/10.1101/2020.01.30.926329

研究簡(jiǎn)介

植物的新陳代謝和繁殖取決于細(xì)胞之間的分工。然而，具有各種功能的細(xì)胞通常作為一個(gè)整體進(jìn)行研究，其特異性易被稀釋掉。本研究將單細(xì)胞RNA測(cè)序應(yīng)用于在各種環(huán)境中生長(zhǎng)的水稻幼苗的地上部分。實(shí)驗(yàn)通過捕獲成千上萬個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組，識(shí)別所有主要的細(xì)胞類型，并重建它們的發(fā)育軌跡。研究者發(fā)現(xiàn)，非生物脅迫不僅影響細(xì)胞類型的特異性基因表達(dá)，還影響細(xì)胞的物理大小和細(xì)胞群體的組成。實(shí)驗(yàn)用顯微鏡驗(yàn)證了其中一些結(jié)論，并用生信分析方法揭示相關(guān)發(fā)生機(jī)制。總的來說，本研究展示了水稻幼苗單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜相關(guān)數(shù)據(jù)，為推動(dòng)植物生物學(xué)發(fā)現(xiàn)提供有利資源支撐。

 

材料與方法

植物材料和生長(zhǎng)條件

水稻幼苗在Kimura B溶液中生長(zhǎng)14天。對(duì)于高鹽度處理，幼苗在Kimura B溶液中生長(zhǎng)11天，然后轉(zhuǎn)移到高鹽度溶液(Kimura B溶液加200mM NaCl)中再生長(zhǎng)3天。對(duì)于低氮處理，幼苗在Kimura B溶液中生長(zhǎng)9天，然后轉(zhuǎn)移到低氮溶液(木村B溶液僅含20 mM NH₄⁺)中再生長(zhǎng)5天。兩周大的幼苗的地上部分被收獲用于scRNA-seq分析。

原生質(zhì)體的分離

從兩周大幼苗中分離水稻原生質(zhì)體。幼苗的莖和鞘部分被切成0.5-1毫米的條狀，用新磨尖的刀片。將條帶立即轉(zhuǎn)移到新鮮制備的酶溶液中，包括1.5% (w/v) cellulase R10、0.4% (w/v) macerozyme R10、0.6 M甘露醇、20 mM KCl、20 mM MES (pH = 5.5)和0.1% BSA。植物材料(0.5 g)在室溫下于黑暗中于5 ml酶溶液中孵育。在3 h輕微搖動(dòng)后，消化混合物依次通過70 mm和40 mm尼龍篩網(wǎng)過濾。在洗滌兩次后收集原生質(zhì)體(300 g離心3分鐘)，并重新懸浮在8%甘露醇溶液中。用臺(tái)盼藍(lán)染色原生質(zhì)體，用細(xì)胞計(jì)數(shù)器測(cè)定細(xì)胞活力和數(shù)量。

scRNA-seq

根據(jù)10x Genomics官方方案及試劑盒，用新鮮原生質(zhì)體構(gòu)建scRNA-seq文庫，并用Illumina HiSeq雙端150 nt模式進(jìn)行測(cè)序。對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)使用STAR、Cell Ranger進(jìn)行單個(gè)細(xì)胞基因表達(dá)水平的估計(jì)和差異基因的鑒定。使用R包進(jìn)行UMAP降維及細(xì)胞聚類分析。此外還利用前人研究的細(xì)胞特異性基因來鑒定細(xì)胞類群，對(duì)非生物脅迫下細(xì)胞特異性應(yīng)激反應(yīng)基因進(jìn)行鑒定及發(fā)育軌跡等分析。

 

實(shí)驗(yàn)結(jié)果

水稻幼苗地上部分主要細(xì)胞類型的鑒定

利用scRNA-seq獲得了總共4580個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組，測(cè)得的UMIs和基因數(shù)量中位數(shù)分別為10256和2480個(gè)。通過UMAP分析及利用相互最近鄰法 (MNN)來校正批次效應(yīng)，最終將細(xì)胞分為五大類群 (圖1B)。根據(jù)已知功能基因的簇特異性表達(dá)將細(xì)胞分為五種類型—葉肉細(xì)胞、薄壁細(xì)胞、表皮細(xì)胞、泡狀細(xì)胞和原基細(xì)胞(圖1C)。

 

 

圖1、水稻幼苗單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜。(A)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組工作流程示意圖。(B)UMAP降維和五大細(xì)胞類群分類結(jié)果。(C)簇特異性基因的表達(dá)模式圖。

 

非生物脅迫誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄組變化因細(xì)胞類型而異

從未處理對(duì)照和低氮及高鹽處理的幼苗樣本中鑒定出所有五種細(xì)胞類型(圖2A)。之后在低氮或高鹽處理后，為每種細(xì)胞類型分析了差異表達(dá)基因（DEGs）及GO富集分析（圖2B-2D）。在所有五種細(xì)胞類型中，高鹽度和低氮處理的樣品之間的轉(zhuǎn)錄差異存在著顯著重疊，這意味著植物可能通過調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)的共同基因轉(zhuǎn)錄對(duì)各種非生物脅迫做出響應(yīng)（圖2E）。

 

圖2、細(xì)胞類型特異性轉(zhuǎn)錄組對(duì)非生物脅迫的響應(yīng)。(A)在UMAP圖中三種不同處理的樣品在很大程度上相互重疊。(B)在低氮處理下，散點(diǎn)圖顯示葉肉細(xì)胞和薄壁細(xì)胞中的基因表達(dá)不同(紅色)。(C)對(duì)低氮脅迫有響應(yīng)的特異和共有細(xì)胞差異基因統(tǒng)計(jì)。左邊的條形圖顯示了每種細(xì)胞類型的差異基因數(shù)(包括上調(diào)和下調(diào))。上下條形圖分別顯示基因上調(diào)和下調(diào)數(shù)量。(D)低氮脅迫下每種細(xì)胞類型差異基因GO富集分析圖。(E)利用基因子集的UMAP分析。

 

mRNA的減少揭示了在應(yīng)激反應(yīng)期間表皮細(xì)胞變得更小

一個(gè)細(xì)胞中的總UMI值，反映了在scRNA-seq實(shí)驗(yàn)中捕獲的整體mRNA群體，在某些細(xì)胞類型中其因脅迫而顯著不同(圖3A)。特別是，在低氮和高鹽處理下，表皮細(xì)胞中的總UMI顯著降低。據(jù)報(bào)告，一個(gè)細(xì)胞中的總與其在人體中的身體大小呈正相關(guān)；或者，總UMI可以簡(jiǎn)單地反映細(xì)胞中RNA聚合酶的活性。為了驗(yàn)證這些可能性，實(shí)驗(yàn)從顯微圖像中估計(jì)細(xì)胞大小。在兩種壓力下，表皮細(xì)胞的面積都減少了，特別是在高鹽度下(圖3B-C)，表明每個(gè)細(xì)胞的總UMI數(shù)可以用來推斷表皮細(xì)胞的大小。為了理解脅迫應(yīng)激導(dǎo)致表皮細(xì)胞尺寸減小的潛在機(jī)制，研究者重建了從原基到表皮細(xì)胞的發(fā)育軌跡(圖3D-E)。雖然在所有三種情況下，總UMI數(shù)都隨著發(fā)育而增加，但比率是不同的(圖3F)。在低氮條件下生長(zhǎng)的植物在原基-表皮細(xì)胞轉(zhuǎn)變過程中表現(xiàn)出細(xì)胞擴(kuò)張的延遲。除此之外，在高鹽度條件下生長(zhǎng)的植物顯示出原基和表皮細(xì)胞的整體大小減小，這可能與滲透壓增加導(dǎo)致細(xì)胞壁上的膨壓降低有關(guān)。總的來說，這些結(jié)果揭示了非生物脅迫導(dǎo)致細(xì)胞類型特異性大小變化。

 

圖3、細(xì)胞大小對(duì)非生物脅迫的響應(yīng)。(A)在高鹽度和低氮脅迫下，某些細(xì)胞類型中的總UMI值顯著降低。(B-C)對(duì)照和脅迫處理樣品中表皮細(xì)胞的細(xì)胞大小統(tǒng)計(jì)。(D-E)從原基到表皮細(xì)胞的發(fā)育軌跡。(F)細(xì)胞大小(從細(xì)胞的總UMI推斷)隨著擬時(shí)軌跡的變化而增加。

 

非生物脅迫減緩向葉肉細(xì)胞的分化

非生物脅迫處理也改變了細(xì)胞群體的組成(圖4A)。特別是葉肉細(xì)胞的比例減少，薄壁細(xì)胞的比例增加，以應(yīng)對(duì)高鹽或低氮脅迫。在顯微鏡下，觀察到紅色自發(fā)熒光的強(qiáng)度降低了約50%，這是由主要存在于葉肉細(xì)胞中的葉綠體發(fā)出的(圖4B–C)。為了理解潛在的發(fā)育機(jī)制，實(shí)驗(yàn)重建了從原基到葉肉和薄壁細(xì)胞的發(fā)育軌跡。研究者觀察到從原基到葉肉細(xì)胞的主要發(fā)育軌跡，薄壁細(xì)胞作為中間體(圖4D–E)，這與葉肉細(xì)胞主要由折疊的薄壁細(xì)胞組成相呼應(yīng)。為了研究非生物脅迫對(duì)細(xì)胞增殖和分化的影響，從66個(gè)組蛋白編碼基因的平均表達(dá)水平推斷了細(xì)胞增殖速率，這些基因在DNA合成階段特異性表達(dá)。在所有三種情況下，發(fā)育軌跡上的增殖速率顯著降低(圖4F)。值得注意的是，在高鹽度或低氮處理的薄壁組織-葉肉轉(zhuǎn)變過程中，細(xì)胞增殖受到顯著抑制(圖4F)。為了進(jìn)一步剖析脅迫下減緩葉肉細(xì)胞分化的調(diào)控機(jī)制，研究者在發(fā)育軌跡中鑒定了1496個(gè)高度可變的基因。這些基因分為四個(gè)不同的基因類別，并在整個(gè)發(fā)育過程中以有序的時(shí)間順序描述基因表達(dá)的波動(dòng)(圖4G-H)。在擬時(shí)時(shí)間軸中間表達(dá)的基因與薄壁細(xì)胞向葉肉細(xì)胞的轉(zhuǎn)變有關(guān)。這較好解釋了薄壁細(xì)胞在脂質(zhì)儲(chǔ)存和代謝中起作用，而脂質(zhì)儲(chǔ)存和代謝通常與應(yīng)激反應(yīng)有關(guān)，葉肉細(xì)胞的延遲發(fā)育不僅有利于水稻幼苗減少光合作用的能量消耗，而且促進(jìn)了對(duì)惡劣環(huán)境的抗性。

 

圖4、細(xì)胞群體對(duì)非生物脅迫的組成響應(yīng)。(A)高鹽度或低氮脅迫下細(xì)胞類型比例的變化。該比例通過將一種類型的細(xì)胞數(shù)除以樣品中捕獲的細(xì)胞總數(shù)來計(jì)算。(B-C)在三種條件下生長(zhǎng)的水稻幼苗水平切片的顯微圖像及統(tǒng)計(jì)。(D-E)原基向薄壁細(xì)胞和葉肉細(xì)胞分化的發(fā)育軌跡。每個(gè)點(diǎn)代表一個(gè)細(xì)胞，并由偽時(shí)間(D)或細(xì)胞類型(E)著色。(F)增殖速率隨著發(fā)育擬時(shí)軌跡變化而降低，特別是在非生物脅迫下。(G-H) 在發(fā)育軌跡中的基因動(dòng)態(tài)表達(dá)圖及統(tǒng)計(jì)。

 

實(shí)驗(yàn)結(jié)論

在這項(xiàng)研究中，研究者首次嘗試將scRNA-seq應(yīng)用于水稻樣品的地上部分，沒有進(jìn)行相同處理的重復(fù)，因?yàn)閿?shù)百個(gè)單獨(dú)的細(xì)胞可以作為重復(fù)。進(jìn)行了兩種脅迫處理(低氮和高鹽)，觀察到部分共有的轉(zhuǎn)錄響應(yīng)情況?？俇MI值的變化本研究中被用來推斷細(xì)胞大小。原生質(zhì)體的效率可能因處理不同而不同。用顯微數(shù)據(jù)驗(yàn)證了脅迫處理后葉肉細(xì)胞數(shù)量的變化。

 

2、題目：Global dynamic molecular profiles of stomatal lineage cell development by single-cell RNA sequencing

用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究氣孔細(xì)胞發(fā)育的全局動(dòng)態(tài)分子特征圖譜

發(fā)表期刊：bioRxiv 發(fā)表時(shí)間：2020-2-14 

https://doi.org/10.1101/2020.02.13.947549

 

研究簡(jiǎn)介

氣孔譜系細(xì)胞發(fā)育的調(diào)控雖然已有廣泛研究，但是基于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析這一生物過程的綜合特征尚未有報(bào)道。在這里，研究者對(duì)來自5日齡擬南芥幼苗子葉的超過12844個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了scRNA-seq分析。利用一系列新的標(biāo)記基因鑒定了11個(gè)細(xì)胞類群，主要對(duì)應(yīng)于特定氣孔發(fā)育階段的細(xì)胞。對(duì)這些細(xì)胞類群中具有最高可變表達(dá)基因的比較分析揭示了調(diào)節(jié)葉肉和保衛(wèi)細(xì)胞的發(fā)育，以及從原皮到保衛(wèi)母細(xì)胞的分化的三個(gè)轉(zhuǎn)錄網(wǎng)絡(luò)。研究者通過擬時(shí)軌跡分析研究了標(biāo)記基因的動(dòng)態(tài)發(fā)育過程，揭示了它們之間潛在的相互作用。幾個(gè)新標(biāo)記基因的鑒定提示氣孔譜系細(xì)胞發(fā)育過程中新的調(diào)控機(jī)制。

 

材料及方法

子葉收集和原生質(zhì)體制備

實(shí)驗(yàn)從5日齡的擬南芥幼苗子葉中分離出原生質(zhì)體，通過浸沒在溶液(0.5 mM CaCl₂, 0.5 mM MgCl₂, 5 mM MES, 1.5% Cellulase RS, 0.03% Pectolyase Y23, 0.25% BSA, actinomycin D [33 mg/L]和cordycepin [100mg/L], pH 5.5)中的幼苗收獲子葉。然后將樣品孵育4 h以分離原生質(zhì)體。然后，用8%甘露醇緩沖液洗滌分離的細(xì)胞三次，以除去Mg²⁺。然后用40um的細(xì)胞過濾器過濾細(xì)胞。用臺(tái)盼藍(lán)染色檢測(cè)細(xì)胞活性，用細(xì)胞計(jì)數(shù)器測(cè)量細(xì)胞濃度。

 

scRNA-seq文庫制備及分析

scRNA-seq文庫制備根據(jù)試劑盒提供的用戶手冊(cè)進(jìn)行。利用Cell Ranger進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控，在Seurat中對(duì)過濾后的矩陣進(jìn)行庫大小歸一化，獲得歸一化的計(jì)數(shù)。采用主成分分析法對(duì)最易變基因進(jìn)行降維。通過基于圖形的方法對(duì)細(xì)胞進(jìn)行聚類，并使用tSNE進(jìn)行二維可視化。利用Monocle 2進(jìn)行擬時(shí)軌跡分析。具有最高可變表達(dá)的基因被用于聚集細(xì)胞。然后將基因表達(dá)繪制為擬時(shí)函數(shù)，以跟蹤擬時(shí)的變化，并沿著推斷的擬時(shí)發(fā)育軌跡繪制了TF和標(biāo)記基因。根據(jù)PlantTFDB數(shù)據(jù)庫，用Cytoscape繪制了轉(zhuǎn)錄因子和靶基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。利用Metascape進(jìn)行DEGs的GO富集分析。

 

顯微鏡觀察實(shí)驗(yàn)

利用激光共聚焦掃描顯微鏡觀察萌發(fā)后5 d的子葉及綠色熒光蛋白熒光圖像。

 

 

實(shí)驗(yàn)結(jié)果

氣孔譜系細(xì)胞基因表達(dá)模式及細(xì)胞類型鑒定

本研究從使用t-SNE將細(xì)胞分成11個(gè)類群，之后選擇有代表性的標(biāo)記基因來鑒定每種不同的細(xì)胞類型(圖1)。

圖1、利用代表性標(biāo)記基因的細(xì)胞類型鑒定。(A)標(biāo)記基因在不同細(xì)胞類型中的表達(dá)示意圖。(B)氣孔發(fā)育過程中標(biāo)記基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)模式分析。(C)根據(jù)每個(gè)細(xì)胞類群中標(biāo)記物的表達(dá)模式鑒定細(xì)胞類型。

 

圖2、每個(gè)聚類新標(biāo)記基因的鑒定。(A)每個(gè)聚類中代表性標(biāo)記基因表達(dá)的熱圖。(B)每種細(xì)胞類型中代表性標(biāo)記基因表達(dá)小提琴圖。

 

ATML1參與調(diào)節(jié)氣孔譜系細(xì)胞的發(fā)育

為了探索分生母細(xì)胞（MMC）的潛在調(diào)節(jié)因子，實(shí)驗(yàn)分析了MMC中的標(biāo)記基因，發(fā)現(xiàn)ATML1、PDF1、MUTE和SPCH具有高度相似的表達(dá)譜(圖2A)。為了研究ATML1對(duì)氣孔譜系細(xì)胞生物發(fā)生的影響，研究者使用ATML1突變體。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，atml1-2和atml1-3植物在氣孔譜系細(xì)胞的發(fā)育方面存在缺陷(圖3A-F)。進(jìn)一步的RT-PCR反應(yīng)分析表明，SPCH和MUTE在atml1-2和atml1-3中的表達(dá)水平低于野生型(圖3G)，表明atml1可以通過調(diào)節(jié)SPCH和MUTE的表達(dá)來調(diào)節(jié)氣孔譜系細(xì)胞的發(fā)育。

圖3、ATML1參與調(diào)節(jié)氣孔的發(fā)育。(A-D)以atml1-2(Ler背景)、atml1-3(Col背景)

 

不同細(xì)胞類型富集基因的GO分析

為了研究在每種細(xì)胞類型中表達(dá)的基因的潛在生物學(xué)功能，研究者對(duì)所有細(xì)胞群進(jìn)行了GO分析(圖4)。結(jié)果顯示，在不同細(xì)胞類型中鑒定的富集基因的數(shù)量及GO存在顯著差異。

 

 圖4、不同細(xì)胞類型中表達(dá)基因的GO分析。(A)不同聚類中可變表達(dá)最高的基因的GO熱圖分析。(B) MMC、GMC、EM和LM細(xì)胞類群中基因GO熱圖分析。

 

不同細(xì)胞類型轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析及鑒定

為了研究不同細(xì)胞類型發(fā)育的調(diào)節(jié)機(jī)制，研究者分析了每一種細(xì)胞類型中轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)，確定了最高數(shù)量的轉(zhuǎn)移因子類型及在不同細(xì)胞中的異同（圖5）。并且通過實(shí)驗(yàn)確定WRKY33、BPC蛋白參與了氣孔細(xì)胞譜系發(fā)育（圖6、圖7）。

圖5、不同細(xì)胞類型轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的鑒定。(A)不同細(xì)胞類型轉(zhuǎn)錄因子的鑒定。(B) MPC和PC細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。(C) PC和GC細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。(D) MMC、EM、LM和GMC細(xì)胞中轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。(E) PDC和 GMC中轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的分析。

 

  圖6、核心轉(zhuǎn)錄因子的特征圖和功能分析。(A)不同聚類中代表性轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)的特征圖。(B)野生型對(duì)照WT和wrky33幼苗子葉氣孔譜系細(xì)胞的發(fā)育模式。(C)根據(jù)(B)計(jì)算的細(xì)胞類型頻率。

 

 圖7、BPC蛋白參與調(diào)節(jié)氣孔的發(fā)育。(A)對(duì)BPC6-GFP亞細(xì)胞定位的分析。(B)SCRM和SCRM2在bpc六突變體中表達(dá)的qPCR分析。(C)5日齡bpc突變體和轉(zhuǎn)基因植株子葉中氣孔譜系細(xì)胞的發(fā)育模式。(D)根據(jù)(C)計(jì)算的細(xì)胞類型頻率。(E)生長(zhǎng)在MS培養(yǎng)基上的突變體的表皮細(xì)胞數(shù)。

 

標(biāo)記基因表達(dá)的擬時(shí)發(fā)育軌跡分析

為了重建分化過程中的發(fā)育軌跡，研究者使用Monocle 2軟件對(duì)scRNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行了擬時(shí)排序。總的來說，擬時(shí)路徑有三個(gè)分支(圖8A、B)。為了研究每個(gè)聚類中基因的擬時(shí)模式，實(shí)驗(yàn)對(duì)所有高表達(dá)基因進(jìn)行了熱圖分析，所有基因的擬時(shí)模式可以分為三類(圖8C)。之后在每個(gè)聚類中選擇前5個(gè)標(biāo)記基因來分析它們的擬時(shí)模式(圖8D)。從熱圖和擬時(shí)曲線可以看出，SPCH、MUTE和FAMA的表達(dá)主要發(fā)生在PDC和MMC、MMC和M、GMC和GC細(xì)胞類型之間(圖9)。

 

 圖8、類群和所選標(biāo)記基因的擬時(shí)分析。(A)每個(gè)類群細(xì)胞在擬時(shí)軌跡上的分布。(B)根據(jù)類群標(biāo)記著色的擬時(shí)軌跡。(C) 擬時(shí)進(jìn)程中所有基因的聚集。(D)代表基因沿氣孔譜系細(xì)胞擬時(shí)進(jìn)程的聚集和表達(dá)動(dòng)態(tài)分析。

圖9、已知標(biāo)記基因的擬時(shí)分析。(A)沿著氣孔譜系細(xì)胞的擬時(shí)進(jìn)程聚集代表性基因。(B)沿著代表性基因的擬時(shí)進(jìn)程的基因表達(dá)動(dòng)態(tài)分析。

 

實(shí)驗(yàn)結(jié)論

本研究利用scRNA-seq探討了可追溯的、不可逆的氣孔譜系細(xì)胞的命運(yùn)決定過程，鑒定出不同分化細(xì)胞類型，并在不同的細(xì)胞類型中發(fā)現(xiàn)了一系列新的標(biāo)記基因。實(shí)驗(yàn)還通過檢查相應(yīng)突變體子葉中的氣孔發(fā)育模式，分析了一些標(biāo)記基因?qū)饪鬃V系細(xì)胞發(fā)育的影響，并且分析了轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)在調(diào)節(jié)氣孔譜系細(xì)胞發(fā)育中的作用，探討了氣孔譜系細(xì)胞的發(fā)育擬時(shí)軌跡及其調(diào)控機(jī)制。

 

 

 

往期鏈接：

2019天昊生物10x單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序來啦！

同一類樣本4篇頂級(jí)文章，植物單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序熱點(diǎn)引爆

10X Genomics單細(xì)胞RNA測(cè)序在動(dòng)植物研究中的最新進(jìn)展

10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在動(dòng)物腦組織研究中的應(yīng)用

單細(xì)胞研究基金撰寫實(shí)在沒靈感？看看美國(guó)受資助的單細(xì)胞研究項(xiàng)目有哪些

大量高分文章單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組研究策略及10x 合作項(xiàng)目部分結(jié)果展示

2019年2月新文 10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 僅需4個(gè)樣本?。?！

乳腺癌單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章匯總（一）

乳腺癌單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章匯總（二）

肝癌單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組文章匯總

Genome Biology：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組揭示基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的可塑性

Nature Methods最新文章：?jiǎn)渭?xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)關(guān)鍵性t-SNE分析改進(jìn)

Hepatology--單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：僅1個(gè)組織樣本+2種細(xì)胞系

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序沒你想的那么復(fù)雜，小的樣本量即可搞定

 

關(guān)于天昊

天昊生物具有多年基因組、轉(zhuǎn)錄組和表觀組檢測(cè)與分析經(jīng)驗(yàn)，現(xiàn)推出的10x單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可為您提供專業(yè)便捷的科研服務(wù)及個(gè)性化的單細(xì)胞信息挖掘，期待成為您單細(xì)胞測(cè)序分析的優(yōu)質(zhì)服務(wù)提供商！

歡迎聯(lián)系我們具體咨詢！

郵箱：[email protected] 

電話：400-065-6886