下一代測序：癌癥個性化治療的核心

發(fā)稿時間：2015-08-19來源：圣谷同創(chuàng)

毫無疑問，未來的癌癥治療將會根據(jù)患者特異性的生物標(biāo)志物變得越來越個性化。在實現(xiàn)癌癥個性化治療的道路上，下一代測序（NGS）技術(shù)發(fā)揮著不可取代的作用。在過去的幾年里，NGS變得更加精確，它幫助研究人員和病理學(xué)家實現(xiàn)了從單基因檢測到多基因檢測的完美轉(zhuǎn)換。

NGS 通過廣泛的基因篩查，預(yù)測癌癥的發(fā)病風(fēng)險，幫助醫(yī)生確定癌癥不同亞型的特異性療法。從另一方面來說，NGS通過解碼不同癌癥的基因變異信息，為醫(yī)生更好的 理解癌癥的發(fā)病機(jī)制提供了很大的幫助。在了解患者遺傳學(xué)信息的基礎(chǔ)上，他們可以從多種癌癥療法中選擇對病人最佳的治療方案。

德 克薩斯大學(xué)MD安德森癌癥中心分子診斷部門主任Rajyalakshmi Luthra博士說：“如今，大多數(shù)的分子診斷實驗室都在通過測序技術(shù)尋找與各種疾病相關(guān)的基因或其它標(biāo)志物。我們知道每個癌癥類型都可能有多個分子標(biāo) 記，為了更好的進(jìn)行靶向治療，我們不得不尋找更多的靶標(biāo)。”

NGS在癌癥治療中的現(xiàn)狀

雖 然NGS技術(shù)在近些年取得了巨大的進(jìn)步，但是它依然是一個相對昂貴的技術(shù)。盡管目前測幾百個基因的成本可能只相當(dāng)于五年前測單個基因的成本，但是每次檢測 的平均成本依然在2500-5000美元之間。出于這樣的原因，NGS的發(fā)展大部分依然局限在大型的學(xué)術(shù)醫(yī)療中心和診斷公司的實驗室中。

臨 床診斷公司BioReference Laboratories的研發(fā)主任Robert Daber表示，NGS的應(yīng)用仍處于初級階段，要想在使NGS使用更加廣泛，我們必須做到以下兩點：第一，它需要覆蓋更多與臨床相關(guān)的可控突變；第二，它 需要使成本更加“親民”，且具有實際的檢測效果。

Luthra博士說：“三年前MD安德森癌癥中心開始使用NGS技術(shù)，我們的目標(biāo)是從分子水平對腫瘤進(jìn)行分析，為臨床醫(yī)生治療病人提供特異性標(biāo)志物。然而，我們得到的腫瘤樣本的數(shù)量其實非常有限，因此，我們不能像以前做試驗一樣一次只檢測一個標(biāo)志物?！?

“其 實，除了與臨床相關(guān)的標(biāo)志物，那些目前被鑒定為與臨床無關(guān)的突變也一樣重要?！盌aber博士說，“可能有些突變只在極少數(shù)腫瘤（1%或1.5%）中被發(fā) 現(xiàn)，但問題是，這些獨特的突變究竟會影響癌癥的發(fā)展，還是與不含這種突變的患者相差無幾。目前，我們也沒有明確的答案?！?

NGS的局限性

因為NGS仍是一個非常新鮮的技術(shù)，儀器公司一直在不斷尋找改善NGS檢測方法以及他們提供的數(shù)據(jù)和信息工具的途徑。這也是很多機(jī)構(gòu)不想在他們的實驗室開展NGS的原因，不斷更新的成本實在太大了。

Luthra 博士說：“廠商總是在不斷努力改善他們的硬件和軟件，當(dāng)然，這也是合情合理的。任何一個新的有前途的技術(shù)都需要不斷的進(jìn)步。然而，在臨床實驗室中，你不可 能總是回頭驗證之前的結(jié)果是否正確。在一些小型或中等規(guī)模的實驗室，他們也不可能收集到足夠的樣本來重復(fù)驗證。”

另一個在未 來需要解決的限制因素是，腫瘤學(xué)家的遺傳學(xué)素養(yǎng)應(yīng)該進(jìn)一步提高。美國阿拉巴馬大學(xué)基因組科學(xué)Heflin中心的主任Bruce Korf博士說：“在基因組時代到來之前，臨床醫(yī)生需要進(jìn)行大量的遺傳學(xué)信息的學(xué)習(xí)，只有真正了解了基因組在疾病發(fā)生中扮演的角色，才能在實踐中利用好它 們?！?

NGS在癌癥治療中的展望

當(dāng) 然，依據(jù)NGS技術(shù)完成臨床決策還為時尚早，但是學(xué)術(shù)醫(yī)療中心和診斷公司每天積累的數(shù)據(jù)是進(jìn)一步解開疾病秘密的關(guān)鍵。Daber博士說：“NGS讓我們了 解了如此多的基因，接下來我們真正需要做的是整理這些重要標(biāo)志物的信息（包括檢測方法、致病機(jī)理等），IT技術(shù)也可以為我們所用?！?

Luthra 博士補(bǔ)充說：“隨著越來越多的標(biāo)志物被鑒定出來，醫(yī)生可以判斷是否需要對患者進(jìn)行多基因檢測。商家可以先提供具有針對性的檢測服務(wù)供一些小型的醫(yī)院選擇。 如果醫(yī)院需要更多的病人基因組信息，他們再選擇更全面的檢測項目。這樣一來，NGS技術(shù)會進(jìn)入更多的醫(yī)院?！?

盡管實現(xiàn)這一愿望可能需要好多年，但是Luthra博士依然相信，隨著大數(shù)據(jù)的發(fā)展和進(jìn)步，NGS技術(shù)必將為癌癥個性化治療提供更多的遺傳信息依據(jù)，也會成為醫(yī)院疾病診治的有效媒介。