生物遺傳多樣性類研究進展10月集錦（二）

發(fā)稿時間：2019-11-29來源：天昊生物

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1、基于微衛(wèi)星標記對長江江蘇段鳙增殖放流效果評估

作者：馮曉婷，楊習文，楊雪軍，劉熠，周彥鋒，方弟安，徐東坡 

作者單位：1. 上海海洋大學水產(chǎn)科學國家級實驗教學示范中心 2. 中國水產(chǎn)科學研究院淡水漁業(yè)研究中心

出版日期：2019-10

為評估長江江蘇段鳙（Aristichthys nobilis）增殖放流效果，本研究基于微衛(wèi)星標記的親子鑒定技術(shù)，選用10對擴增效果穩(wěn)定的微衛(wèi)星熒光標記引物，結(jié)合毛細管電泳對江蘇省內(nèi)良種場563尾鳙親魚和長江江蘇段687尾回捕鳙進行基因分型，并對位點多態(tài)性及親子鑒定結(jié)果進行了分析。結(jié)果表明，各位點等位基因介于19~55之間，其觀測雜合度為0.530~0.909（平均值為0.748），期望雜合度為0.818~0.929（平均值為0.882），多態(tài)性信息含量為0.797~0.924（平均值為0.871）； Cervus3.0模擬結(jié)果顯示，當雙親未知且置信度為95%時，10個微衛(wèi)星位點的累積非親權(quán)排除率為99.996%。親子鑒定結(jié)果發(fā)現(xiàn)，所有回捕鳙中有42尾與親本之間存在親子關(guān)系，被確認來源于鳙增殖放流群體，并由此推算此次評估親本的放流子代對長江江蘇段野生群體的貢獻率為6.11%。結(jié)果顯示該研究進行的鳙親子鑒定技術(shù)可為長江鳙增殖放流效果評估工作提供可靠的數(shù)據(jù)支撐，為長江漁業(yè)資源管理提供參考資料。

 

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2、182份東北地區(qū)受保護大豆品種DNA指紋庫的構(gòu)建及分析

作者： 趙艷杰，馮艷芳，黃思思，馬瑩雪，李嬡嬡，張蝶，鄧超，韓瑞璽，唐浩

作者單位：農(nóng)業(yè)農(nóng)村部科技發(fā)展中心

出版日期：2019-10-23

為評估東北地區(qū)受保護大豆品種遺傳多樣性，利用40對SSR引物結(jié)合熒光毛細管電泳技術(shù)，構(gòu)建了182份東北地區(qū)已授予植物新品種權(quán)的大豆品種DNA指紋庫。182份大豆品種共擴增出266種基因型，每對引物的等位變異數(shù)為4-20種不等，平均每對引物產(chǎn)生11.05種基因型。聚類分析結(jié)果表明，182份大豆品種之間的遺傳相似系數(shù)的變化范圍是0.4887-1.0000，平均相似系數(shù)為0.7785，遺傳基礎(chǔ)較窄。聚類結(jié)果顯示，182份大豆品種可聚合成13大類，黑農(nóng)系列品種間、墾豆系列品種間聚合緊密，遺傳基礎(chǔ)相對較窄，合農(nóng)系列品種間、吉育系列品種間、綏農(nóng)系列品種間距離較遠，遺傳基礎(chǔ)相對較寬?？疾?個DNA指紋相同的品種合農(nóng)75、合豐50號、龍墾335的田間表型，發(fā)現(xiàn)合農(nóng)75與合豐50號表型差異較小，合農(nóng)75與龍墾335表型差異較大，因此DNA指紋圖譜庫可以為特異性（可區(qū)別性）判定時輔助篩選近似品種提供參考，但品種特異性（可區(qū)別性）的最終判定還需要依靠田間種植對比試驗。

 

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3、白菜類蔬菜種子純度SSR分子標記鑒定

作者：徐營莉,華德平,張紅,王超楠,黃志銀,范偉強,溫娟娟,張斌

作者單位：1. 天津師范大學生命科學學院 2. 天津大學生命科學學院 3. 天津科潤蔬菜研究所蔬菜種質(zhì)創(chuàng)新國家重點實驗室 4.天津市蔬菜遺傳育種企業(yè)重點實驗室

出版日期：2019-10-31

種子純度是種子質(zhì)量的核心指標，是保障優(yōu)良品種增產(chǎn)的關(guān)鍵因素。為了鑒定白菜種子純度，本研究利用72對SSR分子標記檢測種子純度并結(jié)合田間植株形態(tài)觀察，鑒定了5個白菜類優(yōu)勢品種的種子純度，分別是珍綠6號，津夏3號，津研快綠1號，速俊228，速俊316。結(jié)果表明，從72對SSR引物中篩選出5對具有多態(tài)性的引物，能夠?qū)⒏改副九c雜交種區(qū)分開。試驗中SSR分子鑒定結(jié)果雖略低于田間形態(tài)學鑒定結(jié)果，但利用統(tǒng)計學進行顯著性分析，發(fā)現(xiàn)兩者間無顯著性差異。說明SSR分子標記可以用于白菜種子純度的鑒定。本研究建立了一套準確、有效的品種純度鑒定體系。

 

4、郁金香SSR-PCR反應體系的建立與優(yōu)化

作者：馬秀花，唐楠，唐道城

作者單位：青海大學青海省園林植物與觀賞園藝重點實驗室/青海大學高原花卉研究中心

出版日期：2019-10-30

為建立郁金香SSR-PCR反應體系，本研究以36個荷蘭引進的郁金香栽培品種和5個產(chǎn)于中國新疆的野生種為試驗材料，采用單因素試驗和L16(45)正交設(shè)計相結(jié)合的方法，對影響郁金香SSR-PCR反應的Mg2+濃度、dNTPs濃度、引物濃度、模板DNA、Taq酶用量進行優(yōu)化，建立最佳的SSR-PCR反應體系，并利用3對引物在41份郁金香材料中驗證反應體系的穩(wěn)定性。結(jié)果表明：在20 μL的PCR反應體系中，10×PCR Buffer (Mg2+ free)2 μL、Mg2+ 2.0 mmol/L、dNTPs 0.75 mmol/L、引物2.0 μmol/L、模板DNA 10 ng、Taq酶0.15 U為最優(yōu)體系；通過正交試驗確定5個因子對SSR-PCR體系的影響程度為：模板DNA>Taq酶>引物>Mg2+>dNTPs。篩選出的3對引物在41份郁金香材料中均可擴增出目的條帶，表明該體系的穩(wěn)定性好。本研究建立SSR-PCR反應體系，為郁金香SSR標記的開發(fā)以及遺傳多樣性分析、品種指紋圖譜構(gòu)建、種質(zhì)資源鑒定等方面提供了幫助。

 

5、35份重慶大茶樹種質(zhì)資源遺傳多樣性的SSR分析

作者：羅亦紓，張霞，毛君林，李華鈞，劉勤晉，童華榮，梁國魯，魏旭

作者單位：1. 西南大學食品科學學院 2. 重慶市古樹茶研究院 3. 西南大學園藝園林學院

出版日期：2019-10-14

茶樹是中國重要的經(jīng)濟植物，遺傳多樣性分析對于其種質(zhì)資源的評價與保存十分重要。本研究采用SSR分子標記技術(shù)對35份重慶大茶樹種質(zhì)資源進行遺傳多樣性分析，用梯度PCR儀對22對SSR引物進行擴增篩選，獲得21對多態(tài)性引物。用21對引物對35份大茶樹種質(zhì)擴增，經(jīng)8%非變性聚丙烯酰胺電泳檢測，共擴增出48個條帶，多態(tài)性條帶38個，多態(tài)帶百分率為79.17%。35份種質(zhì)的遺傳距離在0.313～0.955之間。UPGMA聚類分析顯示，35份重慶大茶樹種質(zhì)在遺傳相似系數(shù)為0.702時可分為5個聚類，親緣關(guān)系最近的是"南川1號"和"南川2號"。

 

6、基于SSR標記的山西高粱地方品種遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析

作者：李萌，秦慧彬，王宇楠，閆建俊，穆志新

作者單位：1. 山西省農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)作物品種資源研究所農(nóng)業(yè)部黃土高原作物基因資源與種質(zhì)創(chuàng)制重點實驗室/雜糧種質(zhì)資源發(fā)掘與遺傳改良山西省重點實驗室  2. 山西省農(nóng)業(yè)科學院作物科學研究所

出版日期：2019-10-11

為了從分子水平分析山西省高粱地方品種的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)，本研究從140對SSR引物中篩選到22對條帶清晰且多態(tài)性穩(wěn)定的引物，對來自于山西省11個地區(qū)66個縣市的158份高粱材料進行了遺傳多樣性分析，結(jié)果共檢測到147個等位基因的位點變異，平均等位基因數(shù)為6.68。每個SSR位點的多態(tài)性信息含量(PIC)平均為0.635，變異范圍為0.168～0.870，表明山西高粱的地方品種具有較豐富的多態(tài)性。針對11個不同地理居群的遺傳多樣性分析表明，不同的地理居群間遺傳分化水平差異較大，地理居群間存在不同程度的基因交流。無論從等位基因數(shù)、有效等位基因數(shù)還是Shannon’s信息指數(shù)上，都可以看出忻州居群的遺傳多樣性最高，而陽泉居群的最低。針對各地理居群間遺傳距離的分析結(jié)果表明，忻州居群和晉中居群的遺傳距離最小，兩個群體的親緣關(guān)系較近，基因交流比較頻繁。而陽泉居群和其他居群間的遺傳距離都較大，顯示陽泉居群與其他居群之間的基因交流阻隔，進一步顯示了陽泉居群的獨特性?；谀Ｐ偷倪z傳結(jié)構(gòu)分析和基于遺傳距離的N-J聚類分析都將種質(zhì)材料劃分為2個類群，不同地區(qū)高粱資源居群間的遺傳關(guān)系遠近與其地理信息并沒有明顯的相關(guān)性。本研究旨在為高粱種質(zhì)資源的收集、鑒定與創(chuàng)新提供理論依據(jù)。

 

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7、百合熒光SSR標記體系構(gòu)建及引物篩選

作者：周俐宏，石慧，王志剛，蔡忠杰

作者單位：1. 遼寧省農(nóng)業(yè)科學院花卉研究所 2. 沈陽農(nóng)業(yè)大學植物保護學院

出版日期：2019-10-28

為了確定百合熒光SSR-PCR反應的最佳體系，對反應體系和程序中的模板DNA、酶量和退火溫度進行了優(yōu)化篩選。結(jié)果表明,適用于百合的熒光SSR-PCR反應體系為：總體系為20μl，10×PCR buffer(Mg2+)2μl，2.5 mM dNTP 1μl，正、反引物各0.5μl，模板DNA 40 ng，Taq酶1 U，用ddH2O補足。反應程序為：94℃預變性5 min，94℃（30 s）/58℃（45 s）/72℃（45 s）35個循環(huán)，最后72℃延伸10 min。利用優(yōu)化后的反應體系對百合SSR引物進行篩選，從50對引物中篩選出6對多態(tài)性高的SSR引物，并通過合成熒光標記引物對77個百合品（野生）種進行復選,驗證了6對引物的穩(wěn)定性。該研究為百合的遺傳多樣性分析、分子標記輔助育種等方面的進一步研究提供了技術(shù)支持。

 

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8、款冬轉(zhuǎn)錄組SSR標記開發(fā)及其多態(tài)性研究

作者： 賀潤麗，韓毅麗，段靜靜，劉計權(quán)，王莉花

作者單位：1. 山西中醫(yī)藥大學中藥學院 2. 云南省農(nóng)業(yè)科學院生物技術(shù)與種質(zhì)資源研究所云南省農(nóng)業(yè)生物技術(shù)重點實驗室農(nóng)業(yè)部西南作物基因資源與種質(zhì)創(chuàng)制重點實驗室

出版日期：2019-10-28 

分析款冬轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的簡單重復序列標記(SSR)位點信息并設(shè)計特異引物，以期為款冬分子標記輔助育種提供有力工具。對款冬轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)庫中長度1 kb以上的18938條unigene，利用MISA軟件搜索SSR位點信息，利用Primer3設(shè)計引物，并隨機選擇55對SSR引物分析18份不同來源款冬材料的多態(tài)性。結(jié)果共搜索到4688個SSR位點，分布于3844條unigene中，SSR出現(xiàn)頻率為24.75%，平均7979bp含1個SSR位點。SSR位點中三核苷酸重復類型出現(xiàn)頻率最高(37.12%)，其次是單核苷酸重復(32.36%)和二核苷酸重復(28.20%)。共有60種重復基元,其中A/T(31.42%)、AG/CT(12.80%)、ATC/ATG(9.62%)是優(yōu)勢重復基元。隨機選擇55對引物進行多態(tài)性驗證分析，其中42對有擴增產(chǎn)物，14對具穩(wěn)定可重復的多態(tài)性；利用UPGMA作圖，將18份樣品分為3類?？疃D(zhuǎn)錄組中SSR位點出現(xiàn)頻率高，類型豐富，多態(tài)性高，為其遺傳多樣性分析、遺傳圖譜構(gòu)建和分子標記輔助育種等研究提供了候選分子標記。

 

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9、長尾倉鼠SSR位點的篩選與擴增

作者：楊新根，張育平，郭紅芳，張建珍，武振榮，王庭林，鄒波，常文英，侯玉

作者單位：1.山西大學應用生物學研究所，2. 山西大學生命科學學院 3. 山西省農(nóng)業(yè)科學院植物保護研究所 4. 農(nóng)業(yè)有害生物綜合治理山西省重點實驗室 5. 太原師范學院生物系 6. 五臺縣林業(yè)工作站

出版日期：2019-10-20

利用從山西省11個地市共計13個縣(市)野外捕捉的132只長尾倉鼠為試驗材料,先提取其基因組DNA，然后應用查閱的近源種黑線倉鼠的6對SSR位點引物(已登記在GeneBank)對長尾倉鼠基因組DNA進行PCR擴增，并對擴增產(chǎn)物進行8%非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳。結(jié)果表明,有5對引物擴增效果較好，可用于長尾倉鼠的遺傳多樣性研究。研究結(jié)果可對今后長尾倉鼠的遺傳多樣性分析提供一定的理論基礎(chǔ)。

 

 

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10、短枝木麻黃無性系鑒定及其指紋圖譜構(gòu)建

作者：李松，張世成，董云武，施德林，史云東

作者單位：1. 玉溪師范學院化學生物與環(huán)境學院 2. 玉溪市種子管理站

出版日期：2019-10-15

本研究構(gòu)建木麻黃無性系的DNA指紋圖譜鑒定體系，為今后短枝木麻黃的品種鑒定、品種權(quán)保護、新品種的選育提供依據(jù)。從71對EST-SSR引物中篩選出擴增條帶清晰、多態(tài)性好、擴增穩(wěn)定的12對引物，采用降落PCR和毛細管電泳的基因分型方法，以采集的9個短枝木麻黃標準無性系的基因分型結(jié)果為參照，對華南沿海地區(qū)采集的109個短枝木麻黃無性系單株進行鑒定，并結(jié)合引物組合法構(gòu)建基于EST-SSR分子標記的短枝木麻黃無性系鑒定體系。結(jié)果表明，12對EST-SSR引物對109個短枝木麻黃無性系單株進行PCR擴增，共檢測到50個等位基因，每個位點的等位基因數(shù)為3～6個，平均為4.2個,每對引物可區(qū)分2～5個短枝木麻黃無性系。根據(jù)鑒定結(jié)果,最終所有樣品被劃分為22個無性系,除已知的9個標準無性系外，另有13個無性系為不知名無性系，說明不同地區(qū)的無性系存在重復命名現(xiàn)象；利用引物組合法進一步優(yōu)化后，發(fā)現(xiàn)只需7對引物就可將22個短枝木麻黃無性系完全區(qū)分，并依此建立了基于7對EST-SSR引物的22個短枝木麻黃無性系的指紋圖譜，每個無性系都獲得了一個7位數(shù)的指紋圖譜編碼。利用7對EST-SSR引物構(gòu)建的22個短枝木麻黃無性系的DNA指紋圖譜可用于短枝木麻黃無性系的鑒別，研究表明，華南沿海地區(qū)部分短枝木麻黃無性系存在命名混亂、同物異名、無性系數(shù)量少的現(xiàn)象，新品種選育工作亟待開展和加強。

 

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11、大麥抗條紋病與SSR標記的關(guān)聯(lián)分析

作者：司二靜，孟亞雄，李葆春，馬小樂，張宇，王化俊

作者單位：1. 甘肅農(nóng)業(yè)大學甘肅省干旱生境作物學重點實驗室甘肅省作物遺傳改良與種質(zhì)創(chuàng)新重點實驗室 2. 甘肅農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院 3. 甘肅農(nóng)業(yè)大學生命科學技術(shù)學院 4. 甘肅省種子管理局

出版日期：2019-10-15

為了解不同來源大麥的遺傳多樣性，并篩選與抗條紋病性狀相關(guān)聯(lián)的SSR標記，采用三明治法通過人工接種大麥條紋病菌對180份大麥材料進行抗性鑒定，通過119對多態(tài)性SSR引物對180份大麥材料進行SSR標記分析，并用一般線性模型(general lineal model，GLM)和混合線性模型(mixed lineal model，MLM)進行大麥抗條紋病與SSR標記的關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明，人工接種大麥條紋病菌后共鑒定出10份免疫、9份高抗、25份抗病、70份感病和66份高感大麥材料；119對多態(tài)性SSR引物從180份大麥材料中共檢測出559個等位變異位點，平均為4.70個，變幅為2～14個，基因多樣性和多態(tài)性信息含量變幅分別為0.05～0.88和0.05～0.86；群體結(jié)構(gòu)分析表明供試大麥材料可分為2個亞群?；贕LM和MLM分別檢測到14個和10個與大麥條紋病抗性相關(guān)聯(lián)的SSR標記，對表型變異的解釋率變幅分別為4.46%～9.76%和3.25%～7.87%,其中Scssr08238和BMS64標記均與大麥條紋病抗性呈極顯著相關(guān)，二者在GLM中解釋率分別為9.76%和8.00%，在MLM中解釋率分別為7.87%和5.61%。本研究所鑒定的大麥抗性種質(zhì)可作為抗源用于抗病育種，與抗性相關(guān)聯(lián)的SSR標記可用于大麥抗條紋病的分子標記輔助選擇育種。

 

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12、利用SSR構(gòu)建甜菜品種的分子身份證

作者：栗媛，王茂芊，邳植，吳則東

作者單位：1. 黑龍江大學生命科學學院 2. 中國農(nóng)業(yè)科學院甜菜研究所/黑龍江大學農(nóng)作物研究院 3. 黑龍江省甜菜工程技術(shù)研究中心

出版日期：2019-10-10

為了實現(xiàn)快速鑒定甜菜品種真實性以及純度的目的，本研究利用SSR分子標記技術(shù)對國內(nèi)已登記的部分甜菜品種進行了指紋圖譜構(gòu)建。利用17對帶型清晰、重復性好、多態(tài)性高、易于識別的引物作為核心引物對39份甜菜品種的基因組DNA進行擴增。結(jié)果表明，只需利用以下5對核心引物：LNX38、LNX95、SB06、SSD6和SB13，便可完全鑒別出39個甜菜品種。利用SSR引物構(gòu)建甜菜品種的分子身份證，真正達到了快速、高效地鑒定品種純度以及真實性的目的，也更有效地維護了甜菜品種市場的秩序，并保護了育種家的利益。

 

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13、不同類型甜瓜種質(zhì)SSR遺傳多樣性及耐冷性評價

作者：徐小軍，劉海英，梁長志，王吉明，張桂蘭，楊路明，胡建斌

作者單位：1. 中國農(nóng)業(yè)科學院鄭州果樹研究所 2. 河南農(nóng)業(yè)大學園藝學院

出版日期：2019-10-9

本研究從國家西瓜甜瓜種質(zhì)中期庫(鄭州)和美國農(nóng)業(yè)部國家種質(zhì)資源中心選取厚皮、薄皮和野生甜瓜種質(zhì)共191份，利用在甜瓜染色體上均勻分布的43個SSR標記鑒定其基因型，評價其遺傳多樣性，并利用4℃恒溫條件下種質(zhì)幼苗的冷害指數(shù)和低溫處理前后的葉肉組織超微結(jié)構(gòu)變化評價不同類型種質(zhì)的耐冷性。結(jié)果顯示SSR標記共檢測到366個等位基因，平均8.512，平均觀測雜合度和期望雜合度分別為0.074和0.704，平均多態(tài)性信息含量為0.668。UPGMA法將所有種質(zhì)聚為4個類群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ)，Ⅰ群僅有2份印度野生種質(zhì)，Ⅱ群包含來自印度的34份野生和15份薄皮種質(zhì)，Ⅲ群含有地理分布廣泛的51份厚皮和1份野生種質(zhì)，Ⅳ群由來自東亞的75份薄皮、7份厚皮和6份野生種質(zhì)組成。Bayesian算法將所有種質(zhì)分為3個亞群(P1、P2和P3)，主要對應厚皮、野生和薄皮3類種質(zhì)。通過計算3類種質(zhì)間的分化系數(shù)和雷氏距離，結(jié)果發(fā)現(xiàn)厚皮種質(zhì)與薄皮種質(zhì)間的分化最大，野生種質(zhì)與薄皮或厚皮種質(zhì)間的分化相對較小，不同類型種質(zhì)多樣性水平表現(xiàn)為：野生種質(zhì)>厚皮種質(zhì)>薄皮種質(zhì)。3類種質(zhì)幼苗的冷害指數(shù)趨向正態(tài)分布，薄皮種質(zhì)的耐冷性要優(yōu)于野生和厚皮種質(zhì)。葉肉組織超微觀察顯示，薄皮種質(zhì)‘蛤蟆酥5’在低溫處理前后的細胞超微結(jié)構(gòu)變化不大,其耐冷性較強，而厚皮種質(zhì)“鳳凰”在低溫處理后，葉綠體大量解體，細胞超微結(jié)構(gòu)遭到破壞，其耐冷性較弱。

 

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14、42份云南玉米自交系基于SSR熒光標記的遺傳多樣性分析

作者：張鵬，管俊嬌，黃清梅，王江民，楊曉洪，劉艷芳，張建華，毛進

作者單位：1. 云南省農(nóng)業(yè)科學院質(zhì)量標準與檢測技術(shù)研究所

出版日期：2019-10-15

本研究通過分析云南常用42份玉米自交系品種的遺傳多樣性，以及云南近些年新育成自交系的遺傳背景，為云南地區(qū)玉米育種提供參考依據(jù)。利用30對SSR多態(tài)性引物，對42個玉米自交系品種進行等位基因多樣性和聚類分析,共檢測到277個等位基因變異，平均每個位點檢測到的等位基因數(shù)為9.2個，變化范圍4～17個，片段大小介于86～434 bp之間，每個SSR位點的多肽信息量(PIC)在0.7008～0.9979之間，平均為0.9712?；赨PGMA進行遺傳聚類分析，供試材料分類不明顯,遺傳相似系數(shù)均大于0.82,遺傳相似度較高。目前由于大部分的玉米自交系品種都由骨干自交系而來,品種資源狹窄、遺傳多樣性不夠豐富，導致新育成的玉米品種遺傳背景相似，血緣關(guān)系相近，因此亟需在品種資源的有效利用、資源評價、材料共享和交流等方面開展相關(guān)工作，促進玉米種業(yè)發(fā)展。

關(guān)于天昊：

天昊生物可以提供SSR分子標記的一代毛細管電泳檢測，并且基于二代高通量測序技術(shù)開發(fā)出SSRseq^TM專利技術(shù), 可以根據(jù)客戶項目需求，提供不同數(shù)量樣本和位點的高性價比SSR檢測服務(wù)。此外，我們還具有豐富的動植物葉綠體、線粒體細胞器基因組隨機測序和DNA條形碼檢測項目經(jīng)驗，為客戶檢測提供高效的技術(shù)支撐。我們期待成為您SSR分型、細胞器基因組測序和DNA條形碼檢測的優(yōu)質(zhì)服務(wù)合作伙伴，歡迎聯(lián)系我們具體咨詢！郵箱：[email protected] 電話：400-065-6886