【昊閱讀】外周血DNA甲基化風(fēng)險(xiǎn)分值，用于預(yù)測(cè)抑郁癥進(jìn)展

發(fā)稿時(shí)間：2019-10-09來源：天昊生物

最新的Mol. Psychiatry期刊文章，探討外周血DNA甲基化指標(biāo)如何解析精神疾病。

快來和小編一起讀讀吧~

英文題目：A methylation study of long-term depression risk.

中文題目：重度抑郁癥的一項(xiàng)甲基化研究

影響因子： 11.973

PMID：31501512

期刊年卷：Mol. Psychiatry 2019 Sep 09;

研究背景：

   ●   文章背景部分首先討論了外周血甲基化與重度抑郁癥（MDD）可能的關(guān)聯(lián)：1）雖然血液甲基化特征不太可能直接影響MDD，但血液提供了大腦的生物環(huán)境，可以間接提示

疾病過程；2）甲基化標(biāo)記也是潛在的生物標(biāo)志物，因?yàn)樗鼈冊(cè)诓杉臉悠分蟹浅７€(wěn)定。因?yàn)橥庵苎子诓杉虼?，外周血甲基化特征也許可以用來開發(fā)MDD預(yù)測(cè)算法，最終用于改善治療。

研究方法：

   ●   樣本：581 MDD patients的基線外周血

   ●   表型：第6年患者表型（199例患者仍被診斷為MDD，其它患者疾病好轉(zhuǎn)）

   ●   甲基化檢測(cè)：MBDseq

   ●   甲基化風(fēng)險(xiǎn)分值計(jì)算：基于elastic nets（彈性網(wǎng)絡(luò)）方法，基于n個(gè)位點(diǎn)的甲基化值，為每個(gè)樣本計(jì)算一個(gè)風(fēng)險(xiǎn)分值。

研究結(jié)果：

   ●   甲基化水平與患者6年臨床結(jié)局關(guān)聯(lián)分析，沒有位點(diǎn)達(dá)到基因組顯著性水平。滿足P < 5 × 10?5的CpGs位點(diǎn)有2785個(gè)，涉及1146個(gè)基因。研究者基于這些基因進(jìn)行了基因富集分析。

圖：全基因組甲基化差異分析的QQ圖和曼哈頓圖

   ●   甲基化風(fēng)險(xiǎn)分值（MRS）：通過不斷增加CpG數(shù)量，來觀察MRS對(duì)患者6年結(jié)局的預(yù)測(cè)能力（曲線下面積值AUC），作者最終選定75000個(gè)CpG納入MRS模型，因?yàn)楹罄m(xù)繼續(xù)增加CpG位點(diǎn)，MRS進(jìn)入平臺(tái)期（下圖A）。

   ●    與其他biomarker的預(yù)測(cè)能力對(duì)比：MRS預(yù)測(cè)疾病結(jié)局的AUC值為0.724（P = 2.0 × 10?16），高于其他biomarker的預(yù)測(cè)能力（例如CDL:臨床，人群指標(biāo)和生活習(xí)慣指標(biāo)；SNP；其他MDD biomarker）（下圖b）。MDS和CDL的組合，可以顯著改善模型的預(yù)測(cè)能力（下圖c）。

表1：臨床指標(biāo)，生活習(xí)慣，各種biomarker與6年隨訪臨床結(jié)局的相關(guān)性

   ●    Top 甲基化組關(guān)聯(lián)研究的位點(diǎn)所集中的通路，與MDD的 GWAS 研究結(jié)果有重疊，并與 腦組織和血液eQTLS的區(qū)域有重疊。其中最相關(guān)的通路是壓力響應(yīng)和免疫細(xì)胞遷移和炎癥相關(guān)的信號(hào)機(jī)制。

研究結(jié)論：

血液中的甲基化模式可能為MDD的臨床發(fā)展結(jié)局提供一個(gè)有意義的臨床決策參考信息。