14個候選SNP只驗證出1個！論動物研究中關聯(lián)數(shù)據(jù)二次驗證的必要性

發(fā)稿時間：2019-08-21來源：天昊生物

為了獲得更多遺傳信息，我們常常要進行全基因組測序、SNP芯片掃描及關聯(lián)分析等。然而在將這些關聯(lián)數(shù)據(jù)一網(wǎng)打盡的同時，往往泥沙俱下，有太多的“臟”數(shù)據(jù)很大程度上干擾了我們對關鍵信息的發(fā)現(xiàn)和判讀，使得我們得出不準確甚至錯誤的結論。這就要求我們有必要進行不同群體和更大樣本量的二次、甚至三次驗證，以保證選擇出SNP位點在研究群體和樣本中的準確性。

最近的2019年6月在《Animal Genettics》雜志上，就發(fā)表了一篇牛排卵和孿生率關聯(lián)的SNP驗證的文章，結果在通過全基因組SNP數(shù)據(jù)選擇出的14個候選關聯(lián)SNP中，只驗證出1個與不同群體性狀相關聯(lián)，提醒我們進行擴大群體二次驗證的必要性。下面我們就簡單看一下這篇文章。

文章題目：Validation of SNP associations with bovine ovulation and twinning rate與牛排卵和孿生率關聯(lián)SNP的驗證

以前的工作在美國荷斯坦牛群體中鑒定并驗證了與孿生率相關的遺傳標記。利用1994-1998年的產犢記錄首次在荷斯坦牛中檢測到SNP關聯(lián)，然后利用1999-2006年的產犢記錄進行驗證。本文所述工作旨在驗證這些標記關聯(lián)在孿生率和排卵率關聯(lián)在群體中的適用性。孿生群體來自12個不同品種的動物，荷斯坦-弗里斯牛在這一群體的基礎上得到了很好的代表，既代表作為有多胎出生記錄的荷斯坦奶牛，也作為有高孿生率的瑞典弗里斯牛。結對種群中的其他品種包括西門塔爾牛、夏洛萊牛、挪威紅牛、棕色瑞士牛、布勞維耶牛、平茲高羊、蓋爾布維耶牛、肖特霍恩牛、赫里福德牛和安格斯牛。本研究總共選擇了18個單核苷酸多態(tài)性進行基因分型，所有這些都在美國荷斯坦牛群體中驗證了相關性。使用質譜平臺對SNP進行基因分型，除去低call rate的SNP后，最終剩下14個SNP，673只牛個體納入標記性狀關聯(lián)驗證分析。統(tǒng)計分析中，孿生率結對率的固定效應包括分娩的年份和季節(jié)、分娩時的年齡和SNP基因型的回歸。每個SNP的加性效應在單獨的分析中進行擬合。排卵率的固定效應包括出生年份季節(jié)、排卵年齡、排卵月份和編碼SNP基因型的基因型回歸?；谥笆褂镁€性模型檢測到的SNP關聯(lián)，研究者決定繼續(xù)使用線性模型進行驗證。此外，閾值模型可能存在收斂問題，固定效應估計可能更難解釋。在這種情況下，閾值模型和線性模型之間的差異減小，因為雙胞胎和卵子的數(shù)量在USMARC的雙胞胎群體中更為居中，因此減少了任何誤差膨脹。分析中使用的記錄包括29571個排卵率和9186個結對率記錄。如果效應估計值與先前的估計值一致，且顯著性P < 0.01，則認為SNP是有效的。

表1、美國荷斯坦牛群體中與結對率顯著相關的SNPs在USMARC群體中的驗證結果

在14個成功基因分型的SNP中，只有一個證明了是有效性，P < 0.01 (表1)。與分析中包括的大多數(shù)其他SNP不同，這些SNP來自商業(yè)上可獲得的SNP panel小組。該SNP被鑒定為位置候選分析的一部分，其中IGF1基因在編碼區(qū)和5’和3’側翼序列中被篩選出多態(tài)性?？梢酝茰y，其他13個在荷斯坦群體中得到驗證的SNPs，可能僅僅是假陽性結果?；诖颂巿蟮赖慕Y果，強相關的IGF1 SNP在荷斯坦牛群體之外的基因組預測中具有實用性，而其余的SNP僅在荷斯坦牛群體中是合適的預測因子，這也要求針對不同群體在應用之前，需要對關聯(lián)SNP進行擴大群體和樣本驗證的必要性。有趣的是，這種SNP與孿生率有關，但與排卵率無關，盡管這兩個性狀之間以前報道有很高的遺傳相關性，這表明孿生率會隨著對該等位基因的選擇而發(fā)生變化。雖然沒有證據(jù)表明這種SNP具有功能作用，但IGF1本身就是細胞生長的刺激因子，據(jù)報道，選擇孿生的奶牛與對照奶牛之間的血液水平存在差異。

關于天昊

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