【昊閱讀】豬年伊始的單核苷酸多態(tài)性（SNPs）5分+文章都在研究什么？?

發(fā)稿時(shí)間：2019-02-22來源：天昊生物

案例1：SNP與尿液代謝物相關(guān)性分析（IF 7.297）

PMID:30703610

背景：

單核苷酸多態(tài)性（SNPs）可能影響砷甲基化效率，進(jìn)而影響砷代謝?；?環(huán)境相互作用是否影響妊娠期間的砷代謝尚不清楚，這可能對妊娠結(jié)局有影響。

目的：

研究者主要想探究砷代謝相關(guān)基因SNP與砷代謝產(chǎn)物的相關(guān)性，以及潛在的SNP-砷相互作用對孕婦砷甲基化效率的影響。

方法：

研究者在孟加拉國招募了1613名孕婦，并從每位參與者收集了兩份尿液樣本，一份在懷孕4-16周，第二份在懷孕21-37周。從每個(gè)樣品的總尿砷水平確定了每種砷代謝物[無機(jī)砷（iAs）％，單甲基胂酸（MMA）％和二甲基胂酸（DMA）％]的比例?；谇捌谘芯刻崾镜纳榇x相關(guān)基因（包括As3MT，N6AMT1和GSTO2基因），研究者選擇了63個(gè)候選SNP用于分型。研究者使用線性回歸模型來評估每個(gè)SNP和DMA％的相關(guān)性（加性模型），以及與DMA％相關(guān)的SNP-砷相互作用。這些分析分別針對兩個(gè)尿液收集時(shí)間點(diǎn)進(jìn)行，以捕獲對砷毒性易感性的差異。

結(jié)果：

圖：2次樣本的三種代謝物占比圖

• 第一次尿液樣本的代謝物平均水平：iAs% = 9.82%, MMA% = 5.36%, DMA% = 84.80% ，第二次尿液樣本的代謝物平均水平： iAs% = 8.7%, MMA% = 5.2%, DMA% = 86.01% 。
• As3MT的內(nèi)含子多態(tài)與妊娠早期DMA％相關(guān)：rs9527（β= -2.98％，P_FDR = 0.008）；rs1046778（β= 1.64％，P_FDR = 0.008）。rs3740393（β= 2.54％，P_FDR = 0.002）和rs1046778（β= 1.97％，PFDR = 0.003）與妊娠中晚期DMA％相關(guān)。此外，As3MT，GSTO2和N6AMT1多態(tài)性在DMA％上顯示出不同的效應(yīng)大?。刂屏松楸┞端剑?。然而，在調(diào)整錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率（FDR）后，SNP-砷相互作用在統(tǒng)計(jì)學(xué)上不顯著。 N6AMT1中的rs1048546在妊娠中晚期的SNP-砷相互作用中具有最高的顯著性水平（β= -1.8％ vs 1.4％，PGxE_FDR = 0.075）。
• As3MT和As3MT / CNNM2單倍型在兩個(gè)時(shí)間點(diǎn)與DMA％相關(guān)。

結(jié)論：

研究發(fā)現(xiàn)，并非所有已報(bào)道的砷甲基化效率的遺傳關(guān)聯(lián)位點(diǎn)都能在孕婦樣本中得到驗(yàn)證。砷暴露水平對改變遺傳變異與砷甲基化效率之間的關(guān)聯(lián)影響有限。

案例2：SNP與化療藥物副作用（IF 6.544）

PMID:30739312

背景：

紫杉烷相關(guān)的周圍神經(jīng)病變（TrPN）是一種劑量限制性毒性，具有顯著的個(gè)體間差異性。 ADME（drug transporter and metabolizing enzymes）基因中的遺傳多態(tài)性可以解釋藥物功效和/或毒性的可變性。

方法： 

通過使用Affymetrix DMETTM微陣列平臺(tái)( 藥物代謝酶和轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白遺傳 (DMET芯片) ，在一項(xiàng)包括79例化療患者的回顧性病例對照研究中，研究了ADME多態(tài)性與級別≥2-3的紫杉烷相關(guān)的周圍神經(jīng)病變（G≥2-3TrPN）之間的相關(guān)性。結(jié)果：在乳腺癌（BC）訓(xùn)練集樣本中，NR1I3和UGT2B7基因中的5個(gè)SNP與G≥2-3-TrPN保護(hù)相關(guān)。通過ROC曲線，在54個(gè)BC患者（17個(gè)病例和37個(gè)對照）的獨(dú)立樣本中驗(yàn)證了G≥2-3-TrPN相關(guān)候選生物標(biāo)志物。 NR1I3與紫杉醇-TrPN相關(guān)，UGT2B7與多西紫杉醇-TrPN相關(guān)。此外，發(fā)現(xiàn)了與BC患者預(yù)后相關(guān)的遺傳多態(tài)位點(diǎn)。

結(jié)論：

本研究結(jié)果可能有利于BC患者的個(gè)性化管理，可用于預(yù)防遺傳變異導(dǎo)致的治療失敗。

案例3：一個(gè)microRNA相關(guān)SNP功能研究

PMID:30739312  

背景：

全基因組關(guān)聯(lián)研究已經(jīng)確定了200多種遺傳變異與多發(fā)性硬化（MS）的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)增加有關(guān)。但到目前為止，對這些功能變異的因果分子機(jī)制知之甚少。rs1414273為MS的候選功能位點(diǎn)，位于CD58基因，該基因同時(shí)轉(zhuǎn)錄編碼基因和一個(gè)microRNA.

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圖：來源于CD58基因的microRNA-548ac和SNP位置。

方法：

研究者探究了單核苷酸多態(tài)性（SNP）rs1414273的作用，其位于CD58基因的第一個(gè)內(nèi)含子中的microRNA-548ac莖環(huán)序列內(nèi)?；诔^1000名受試者的血液細(xì)胞來源的公共RNA測序和表達(dá)微陣列數(shù)據(jù)進(jìn)行了表達(dá)數(shù)量性狀基因座（eQTL）分析。另外，在32名MS患者的外周血樣品中使用實(shí)時(shí)PCR檢測CD58轉(zhuǎn)錄本和成熟hsa-miR-548ac表達(dá)量。進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng)實(shí)驗(yàn)以評估依賴于基因型的Drosha介導(dǎo)的莖環(huán)加工效率并基于表達(dá)譜研究確定該microRNA的靶基因。

結(jié)果：

在不同的群體和數(shù)據(jù)集中，MS風(fēng)險(xiǎn)等位基因的攜帶者顯示CD58 mRNA水平降低和hsa-miR-548ac水平增加。細(xì)胞培養(yǎng)試驗(yàn)證據(jù)證明SNP rs1414273可能改變Drosha切割活性，從而引起CD58基因表達(dá)和免疫細(xì)胞中共享初級轉(zhuǎn)錄物的microRNA-548ac產(chǎn)生的部分解偶聯(lián)。此外，研究發(fā)現(xiàn)microRNA調(diào)節(jié)的靶基因主要參與炎癥過程和控制蛋白質(zhì)折疊和降解的平衡。

圖A：體外構(gòu)建2種堿基對應(yīng)的miRNA前體表達(dá)質(zhì)粒；BCD：A堿基攜帶的質(zhì)粒，表達(dá)出的成熟miRNA水平相比于G堿基下降10倍，提示A 堿基可能導(dǎo)致了頸環(huán)識(shí)別損傷，從而阻礙了成熟miRNA的形成。

結(jié)論：

揭示了CD58基因座對MS的調(diào)控新模式，提示更好地理解RNA加工事件可能有助于探究炎癥和神經(jīng)疾病相關(guān)遺傳變異的功能。

截止到2019年1月，天昊生物的SNP分型平臺(tái)共發(fā)表文章366篇，總影響因子1057分。除了提供多種天昊生物專利SNP分型平臺(tái)，我們還提供多種SNP聯(lián)合分析的研究思路給您，確定不需要立刻聯(lián)系我們嗎？