【昊文章】腫瘤biomarker研究利器：天昊MethylTarget?多重目的區(qū)域甲基化富集測序技術

發(fā)稿時間：2018-12-26來源：天昊生物

天昊MethylTarget?多重目的區(qū)域甲基化富集測序技術又有新文章，已經(jīng)實現(xiàn)腫瘤biomarker研究文章三連發(fā)。

【1】2017年11月上海復旦大學生科院王久存教授課題組文章

【2】2018年10月蘇州大學醫(yī)學部基礎醫(yī)學與生物科學學院生物化學與分子生物學系王明華教授團隊文章

【3】2018年11月浙江大學朱益民教授課題組&來茂德教授課題組文章研究內(nèi)容

研究內(nèi)容

A novel discriminating colorectal cancer model for differentiating normal and tumor tissues

一種區(qū)分正常和腫瘤組織的新型結(jié)直腸癌鑒別模型

影響因子:4.979

研究背景

l 結(jié)直腸癌（CRC）是全球第三大常見癌癥，居腫瘤相關死因第四位，急需用于CRC檢測的新型非侵入性生物標志物。

l 由于DNA甲基化改變在癌癥發(fā)病機制的早期即出現(xiàn)并且在CRC腫瘤中經(jīng)常發(fā)生[18]，基因啟動子中的癌癥特異性DNA甲基化可能是腫瘤分子診斷，早期檢測和靶向治療的有希望的生物標志物。

l 目前已經(jīng)報道了一些CRC甲基化標記物，但是大多數(shù)研究僅包含很少的生物標記物并且在中國人群中沒有得到充分的研究。

研究方法

l 從文獻中檢索CRC相關的甲基化調(diào)節(jié)基因。

l 基于TCGA數(shù)據(jù)庫中373例樣本的甲基化數(shù)據(jù)和RNA表達量數(shù)據(jù)，驗證候選基因啟動子區(qū)域和第一外顯子中CpG位點的甲基化水平?；?/span>Lasso算法進一步篩選候選基因和CpG位點。

l 在94例中國CRC樣本中進行候選基因和CpG位點驗證（天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測方法），基于Lasso算法建立基于甲基化水平的CRC鑒別模型。

l 在TCGA數(shù)據(jù)和CRC患者數(shù)據(jù)中對診斷模型進行評估。

圖：本研究流程圖

研究結(jié)果

l 基于16篇研究共獲得107個候選基因。
l 基于TCGA數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)進行107個候選基因的首次篩選，條件為：1）平均甲基化水平在癌組織和癌旁組織中差異顯著（啟動子和第一外顯子區(qū)，F(xiàn)DR<0.05）; 2）mRNA表達水平在癌組織和癌旁組織中差異顯著（FDR<0.05）；3）mRNA表達水平與甲基化水平負相關（FDR<0.05）；篩選后獲得36個候選基因（371個CpG位點）。
l 進一步對371個CpG位點進行篩選，條件為：1）甲基化水平在癌組織和癌旁組織中為4倍以上或0.25倍以下差異；2）mRNA表達水平與甲基化水平負相關（FDR<0.05）；3）單變量分析排除相關變量（FDR<0.05）。經(jīng)篩選后獲得18個基因（78個CpG位點）?；谶@些位點進行LASSO邏輯回歸降維分析，共獲得5個CpG位點。
l 基于這5個位點的甲基化水平構(gòu)建模型，計算每個樣本的甲基化分數(shù)，在TCGA樣本中對癌和癌旁的區(qū)分能力達到AUC=0.999.
l 進一步在中國94例CRC樣本中驗證這5個CpG位點，每個樣本的甲基化分數(shù)對癌和癌旁的區(qū)分能力達到AUC=0.943.

	

研究結(jié)論

基于五個CpG位點甲基化水平的體系是實用且可靠的一組CRC鑒別工具。