【科研小助手】BioJupies：基于云的RNA-seq數(shù)據(jù)分析交互式筆記本的自動生成新方法

發(fā)稿時間：2018-11-27來源：天昊生物

                 

交互式筆記本可以使生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析更加透明、易于訪問和可重復(fù)使用。然而，創(chuàng)建筆記本需要計算機(jī)編程專業(yè)知識。最近的一項(xiàng)研究成果，提供了一個網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，命名為BioJupies，它能夠自動創(chuàng)建、存儲和開展包含RNA序列數(shù)據(jù)分析的Jupyter筆記本（一款開放源代碼的 Web 應(yīng)用程序）。

 

發(fā)表期刊：Cell Systems 發(fā)表時間：2018-11-14 影響因子：8.982

 

BioJupies通過直觀的界面，新手用戶可以快速生成定制的報告來分析和可視化他們自己的原始測序文件、他們的基因表達(dá)表，或者從超過5500份包含超過250000份預(yù)處理RNA-seq樣本的已發(fā)表研究中獲取數(shù)據(jù)。生成的筆記本有整個管線的可執(zhí)行代碼、豐富的文本、交互式數(shù)據(jù)可視化以及差異表達(dá)和富集分析。筆記本永久存儲在云中，并通過URL在線使用。筆記本是可下載的、可定制的，可以在Doker容器中運(yùn)行。通過為RNA序列數(shù)據(jù)分析提供直觀的筆記本生成用戶界面，從原始reads開始，一直到完整的交互式和可再現(xiàn)的報告，這些都使得BioJupies成為實(shí)驗(yàn)和計算生物學(xué)家的有用資源。

網(wǎng)址：https://amp.pharm.mssm.edu/biojupies/ 或 http://biojupies.cloud

 

 

BioJupies筆記本生成工作流的示意圖

用戶首先將RNA序列數(shù)據(jù)上傳到BioJupies網(wǎng)站上，或者從數(shù)以千計的公開數(shù)據(jù)集中進(jìn)行選擇。如果提供了原始FASTQ文件，則使用基于云的比對管線來對每個基因的表達(dá)水平進(jìn)行量化。用戶隨后選擇要用于分析數(shù)據(jù)的工具和參數(shù)。最后，服務(wù)器生成具有所需設(shè)置的Jupyter筆記本，并通過持久URL向用戶返回報告。

 

 

網(wǎng)站首頁

具體操作步驟：

1、上傳或獲取RNA序列數(shù)據(jù)

• 上傳你的原始或處理過的RNA-seq數(shù)據(jù)
• 獲取> 8000個公開發(fā)表在基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫中的RNA-seq數(shù)據(jù)集

2、選擇數(shù)據(jù)分析工具

• 可選擇多種最先進(jìn)的RNA-seq數(shù)據(jù)分析工具
• 將個人設(shè)計的計算工具作為插件

3、建立個人的筆記本

• 通過永久URL來訪問和共享個人結(jié)果
• 下載、重新運(yùn)行、并使用Doker定制個人筆記本

 

 

BioJupies中可用的RNA-seq數(shù)據(jù)分析插件列表

 

 

最初的BioJupies工具箱包括14個分析RNA序列數(shù)據(jù)的插件，分為四類，涵蓋所有常見RNA-seq分析項(xiàng)目。

 

 

 

補(bǔ)充視頻材料（需要翻墻）：

Supplementary Video 1. Uploading and aligning raw RNA-seq data using BioJupies.

https://www.youtube.com/watch?v=mZR02DCv8RE 

Supplementary Video 2. Generating a notebook using the BioJupies website.

https://www.youtube.com/watch?v=FpeGHhTm9Hg 

Supplementary Video 3. Exploring the contents of a BioJupies notebook.

https://www.youtube.com/watch?v=dApCOur2Bbo 

Supplementary Video 4. Generating a notebook using the BioJupies Chrome extension.

https://www.youtube.com/watch?v=164zkRKsC18

 

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關(guān)于天昊

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