天昊生物微生物多樣性測序分析云平臺操作指南

發(fā)稿時間：2018-10-11來源：天昊生物

天昊生物微生物多樣性測序分析云平臺操作指南

天昊生物微生物云平臺GS-Online是由上海天昊生物構(gòu)建，致力于為微生物多樣性測序客戶提供簡單、快速的可視化分析，目前天昊生物微生物云平臺GS-Online已覆蓋微生物文章常用圖表，共包含26項分析內(nèi)容，客戶可以根據(jù)根據(jù)自己的科研需求，自由分組，自由添加和修改。下面就給大家介紹一下云平臺操作流程，真正做到生信分析求人不如求己。

使用指南

1 登錄

打開瀏覽器，輸入網(wǎng)址：http://cloud.geneskybiotech.com/ ，轉(zhuǎn)到天昊生物微生物云平臺GS-Online首頁，在登錄頁面填寫賬戶名和密碼。

1、輸入文件的位置

（1）OTU Table文件和Fasta Tre文件可以在數(shù)據(jù)結(jié)果的OTU文件夾中找到（如果您已經(jīng)在我們公司做過相關(guān)項目并已獲得項目數(shù)據(jù)的話）；env.xls文件和 sample.groups 文件一般在結(jié)果數(shù)據(jù)的最外層目錄中。

2、OTU Table文件

（1）在OTU Table文件的第一行中，從第二列到“OTUsize”之前，表示的是樣本名。

（2）OTU Table中的每一行的數(shù)據(jù)之間，以t（即制表符“Tab”）分隔。

（3）OTU Table中的樣本名必須與sample.groups 文件中的樣本名一一對應(yīng)。

（4）OTU Table文件可以用Excel和文本文檔打開。

（5）如果想重新分析，只是更改了分組，OTU Table文件不做任何處理。

（6）如果在OTU Table文件基礎(chǔ)上需要刪除某些樣品，后面的sample.group文件也要刪除對應(yīng)樣品。

（7）如果要刪除某些OTUId，直接去除對應(yīng)的行就可以。

（8）文件另存為文本可讀的xls格式，不要另存為非文本可讀的xlsx格式。

（9）最后另存為的文件能用文本文檔打開且不亂碼即可。

3、sample.groups 文件

（1）sample.groups 文件由2列組成，第一列是樣本名（與OTU Table文件中的樣本名一一對應(yīng)），第二列是分組。如下圖，第一列和上圖OTU Table中的樣本名相同，第二列分為A、B、C三組。1、2、3是A組，4、5、6是B組，7、8、9是C組。三組對比分析。

（2）sample.groups中的每一行的數(shù)據(jù)之間，以t（即制表符“Tab”）分隔。

（3）sample.groups文件可以用Excel和文本文檔打開。

（4）如果想重新分組或重新命名組名，請打開OTU Table文件（subsample_otu.tax.0.03.xls文件），復(fù)制OTU表格中的樣品名稱，新建sheet表格，在sheet表格單元格A1中：點擊右鍵-選擇性粘貼-轉(zhuǎn)置；在B列中輸入對應(yīng)的組名；點擊另存為，保存為文本文件（制表符分隔）點擊“確定”，點擊“是”，最后另存為的文件能用文本文檔打開且不亂碼即可。

（5）如果想重新分組或重新命名組名，請打開OTU Table文件（subsample_otu.tax.0.03.xls文件），復(fù)制OTU表格中的樣品名稱，新建sheet表格，在sheet表格單元格A1中：點擊右鍵-選擇性粘貼-轉(zhuǎn)置；在B列中輸入對應(yīng)的組名；點擊另存為，保存為文本文件（制表符分隔）點擊“確定”，點擊“是”，最后另存為的文件能用文本文檔打開且不亂碼即可。