天昊客戶動(dòng)植物葉綠體/線粒體測(cè)序文章發(fā)不停

發(fā)稿時(shí)間：2018-05-29來(lái)源：天昊生物

近期，天昊客戶在動(dòng)植物葉綠體/線粒體測(cè)序領(lǐng)域持續(xù)發(fā)力，SCI文章不斷。僅以Springer出版社發(fā)行的生物遺傳多樣性保護(hù)領(lǐng)域SCI期刊--《Conservation Genetics Resources》這一種雜志為例，在短短的一年多時(shí)間里，用“Genesky”（“天昊”英文名稱(chēng)）關(guān)鍵詞搜索到天昊客戶發(fā)表的文章就多達(dá)7篇，研究對(duì)象涉及落葉松、植物藥材烏頭、紅豆杉、高山馬先蒿、四葉紫菀、粗榧等。再結(jié)合過(guò)去幾年公司承接的同類(lèi)項(xiàng)目百余項(xiàng)，客戶發(fā)表文章40多篇，累計(jì)影響因子60余分，這些成績(jī)的取得無(wú)不突顯了天昊生物在動(dòng)植物葉綠體/線粒體測(cè)序項(xiàng)目中的技術(shù)及服務(wù)優(yōu)勢(shì)。

Springer出版社發(fā)行的《Conservation Genetics Resources》期刊網(wǎng)站首頁(yè)

天昊客戶近期在《Conservation Genetics Resources》上發(fā)表的動(dòng)植物葉綠體測(cè)序文章列表

下面就以2018年3月最新發(fā)表的中國(guó)粗榧為例，跟小編一起看一看文章的基本研究?jī)?nèi)容。

文章題目：Characterization of the complete chloroplast genome of Cephalotaxus sinensis (Cupressales: Taxaceae), an endangered Tertiary relict tree endemic to China

中國(guó)第三紀(jì)特有孑遺種粗榧完整葉綠體基因組特性研究

研究背景:

粗榧是第三紀(jì)瀕危地方性殘留樹(shù)種, 具有較高的藥用價(jià)值。為了促進(jìn)其保護(hù)遺傳學(xué)研究, 本文利用 Illumina 高通量測(cè)序技術(shù)，對(duì)其完整葉綠體基因組進(jìn)行了組裝。

研究方法：

用DNeasy Plant Mini Kit (QIAGEN,German) 從將粗榧鮮嫩葉片中提取基因組DNA，質(zhì)檢初步合格后，送上海天昊生物有限公司進(jìn)行高通量DNA測(cè)序。利用Illumina HiSeq 2500測(cè)序系統(tǒng)共產(chǎn)生了15.4 M 150-bp的raw reads，平均測(cè)序深度達(dá)到葉綠體基因組的214X，用CLC Genomics Workbench v9 (CLC Bio, Aarhus, Denmark)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控，并MITObim v1.9軟件(https://github.com/chrishah/MITObim）對(duì)葉綠體基因組進(jìn)行組裝，以Cephalotaxus oliveri (KC136217)的葉綠體基因組為參考基因組。利用Geneious R10軟件 (Biomatters Ltd., Auckland, New Zealand)對(duì)葉綠體基因組進(jìn)行注釋?zhuān)⒗肙GDRAW軟件(http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de)繪制物理圖譜。系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)利用MEGA6軟件(http://megasoftware.net)進(jìn)行。

研究結(jié)果：

葉綠體基因組全長(zhǎng)為135646 bp，具有不對(duì)稱(chēng)的堿基組成 (32.5% A、17.6% C、17.5% G和 32.4% T)，共編碼了113個(gè)unique基因 (包括82蛋白質(zhì)編碼基因、27個(gè)tRNA基因和4個(gè)rRNA基因)，其中trnQ-UUG具有基因組復(fù)制現(xiàn)象。此外，14個(gè)基因 (atpF、ndhA、ndhB、petB、petD、rpl2、rpl16、rpoC1、rps12、rps16、trnA-UGC、trnG-UCC、trnI-GAU和trnK-UUU) 具有一個(gè)內(nèi)含子, 另一個(gè)基因 (ycf3) 有一對(duì)內(nèi)含子。系統(tǒng)進(jìn)化分析基本上支持了目前柏目（Cupressales）層次分類(lèi)的順序, 揭示了粗榧與同源物種蓖子三尖杉的密切關(guān)系。

圖1、粗榧葉綠體基因組的物理圖譜。外圓外側(cè)顯示基因按照順時(shí)針?lè)较蜣D(zhuǎn)錄，而外圓內(nèi)側(cè)顯示基因按照逆時(shí)針?lè)较蜣D(zhuǎn)錄。內(nèi)圓中的淺虛線區(qū)域和深灰色區(qū)域分別表示基因組的A+T和G+C含量

圖2、基于葉綠體蛋白質(zhì)編碼基因（protein-coding genes，PCGs）對(duì)Cupressales 38種植物的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的NJ分析，分類(lèi)單元為屬級(jí)水平

關(guān)于天昊

天昊生物具有豐富的動(dòng)植物葉綠體、線粒體細(xì)胞器基因組和DNA條形碼檢測(cè)項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，為客戶高效發(fā)表SCI文章提供技術(shù)保障，我們期待成為您細(xì)胞器基因組測(cè)序和DNA條形碼檢測(cè)的優(yōu)質(zhì)服務(wù)合作伙伴。

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