【昊文章】天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測(cè)技術(shù)文章大揭秘

發(fā)稿時(shí)間：2018-05-28來(lái)源：天昊生物

對(duì)于DNA目的區(qū)域甲基化水平的檢測(cè)，目前市場(chǎng)上有各種技術(shù)平臺(tái)，但是各個(gè)技術(shù)有各自的技術(shù)痛點(diǎn)，要么成本高（目的區(qū)域液相芯片捕獲），要么不能準(zhǔn)確定量研究（MSP/BSP），要么操作復(fù)雜（質(zhì)譜）、要么檢測(cè)片段短，無(wú)法獲得甲基化單倍型（焦磷酸測(cè)序），而天昊生物的目的區(qū)域富集甲基化測(cè)序MethylTargetR技術(shù)針對(duì)這些核心痛點(diǎn)，通過(guò)調(diào)整技術(shù)策略及創(chuàng)新生信分析，不但創(chuàng)新性地解決了上述技術(shù)難題，還有更多應(yīng)有優(yōu)勢(shì)：
◆  性價(jià)比高：傳統(tǒng)克隆測(cè)序一個(gè)片段10個(gè)克隆的價(jià)格，MethylTarget 可以完成約60個(gè)片段的檢測(cè)（檢測(cè)深度為1000X，相當(dāng)于1000個(gè)克?。?；
◆  精確度高：基于二代測(cè)序數(shù)據(jù)檢測(cè)甲基化程度，精確到單堿基分辨率，與全基因組甲基化測(cè)序，RRBS數(shù)據(jù)，甲基化芯片數(shù)據(jù)有高度一致性；
◆  精確定量：測(cè)序深度高達(dá)1000X，并可以進(jìn)一步加深，相比于傳統(tǒng)克隆測(cè)序，可以對(duì)位點(diǎn)甲基化程度進(jìn)行準(zhǔn)確定量；
◆  技術(shù)靈活：基于多重PCR富集進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域富集，可隨時(shí)進(jìn)行基因和位點(diǎn)的變化和改動(dòng)，并且可以獲得每個(gè)片段的甲基化單倍型。


MethylTargetR 自服務(wù)市場(chǎng)以來(lái)，其準(zhǔn)確性和性價(jià)比優(yōu)勢(shì)快速獲得了大量課題組的認(rèn)可。優(yōu)秀的技術(shù)平臺(tái)結(jié)合課題組的專業(yè)研究思路，已經(jīng)快速轉(zhuǎn)化為一大波優(yōu)質(zhì)SCI文章，下面就為大家按領(lǐng)域分別介紹！





Folate treatment of pregnant rat dams abolishes metabolic effects in female offspring induced by a paternal pre-conception unhealthy diet.
父方孕前不良飲食習(xí)慣對(duì)女性后代的代謝損傷影響可被雌性大鼠孕期葉酸治療過(guò)程逆轉(zhuǎn)
單位：湖南師范大學(xué)醫(yī)學(xué)院李健老師課題組
時(shí)間：2018年5月18號(hào)
雜志：Diabetologia.
IF: 6.08
研究背景：
● 母親孕前或孕期的生活方式可能對(duì)后代器官的功能或結(jié)構(gòu)造成永久性的影響和改變；
● 近期研究發(fā)現(xiàn)，父親在精子成熟期或孕前的營(yíng)養(yǎng)情況也能對(duì)子代的器官功能造成永久性的影響；
● 對(duì)于父方營(yíng)養(yǎng)對(duì)子代造成的表觀遺傳學(xué)改變的機(jī)制尚無(wú)深入研究；
科學(xué)問(wèn)題：雄性大鼠的高脂，高糖，高鹽飲食（模擬年輕男性的快餐飲食習(xí)慣）是否會(huì)引起子代的代謝表型變化？雌性大鼠孕期的葉酸治療是不是能夠逆轉(zhuǎn)這種代謝表型變化？
研究方法：
● 大鼠組別設(shè)置：雄性大鼠的高脂-糖-鹽飲食；雌性孕鼠的葉酸飼喂為2個(gè)主要組別設(shè)置因素；

● 大鼠肝組織RNA測(cè)序；肝組織和胰腺組織目的基因RT-PCR；
● 整體和MethylTarget?技術(shù)檢測(cè)基因特異性DNA甲基化水平；
● 代謝能力和其它指標(biāo)檢測(cè)；
研究結(jié)果：
●對(duì)于父方高脂-糖-鹽飲食組，其雌性后代表現(xiàn)明顯的葡萄糖耐受損傷，可能是肝組織一些關(guān)鍵代謝基因表達(dá)異常的外在體現(xiàn)；
●對(duì)于父方高脂-糖-鹽飲食組，其后代表現(xiàn)整體甲基化上升，但一些代謝核心基因的甲基化水平并無(wú)顯著變化（可能因?yàn)闃颖玖刻。?br /> ●雄性大鼠孕前不良飲食習(xí)慣對(duì)女性后代的代謝損傷影響可被雌性大鼠孕期葉酸治療過(guò)程逆轉(zhuǎn)；
研究意義和結(jié)論：
該研究提示，母親孕期服用葉酸，可能能夠改善和治療父方孕前快餐飲食習(xí)慣對(duì)子代造成的表觀遺傳學(xué)不良影響。

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全身性自身免疫病機(jī)制研究

Genome-wide DNA methylation analysis in systemic sclerosis reveals  hypomethylation of interferon-associated genes in CD4+ and CD8+ T cells
全基因組DNA甲基化研究發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)性硬化癥患者CD4+ 和CD8+ T細(xì)胞的干擾素相關(guān)基因表現(xiàn)低甲基化狀態(tài)
單位：上海復(fù)旦大學(xué)生科院王久存教授課題組
時(shí)間：2017-12-05
雜志：J Invest Dermatol. 
IF：6.28
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JID+Clinical Epigenetics|天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測(cè)技術(shù)再發(fā)兩文。


 

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腫瘤biomarker研究

Targeted bisulfite sequencing identified a panel of DNA methylation-based
biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma (ESCC)
靶向亞硫酸氫鹽測(cè)序鑒定了一組基于基因DNA甲基化程度的食管鱗狀細(xì)胞癌（ESCC）生物標(biāo)志物
單位：上海復(fù)旦大學(xué)生科院王久存教授課題組
時(shí)間：2017-11-29
發(fā)表雜志：Clinical Epigenetics
IF：4.98
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缺血性腦卒中疾病研究

CDKN2B Methylation and Aortic Arch Calcification in Patients with Ischemic Stroke
缺血性腦卒中CDKN2B甲基化與主動(dòng)脈弓鈣化研究
單位：南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院金陵學(xué)院
時(shí)間：2017-6-1
發(fā)表雜志：J Atheroscler Thromb. 
IF: 2.442
研究背景：
● 多項(xiàng)GWAS研究提示Chr9p21與動(dòng)脈粥樣硬化和動(dòng)脈鈣化的發(fā)生顯著關(guān)聯(lián)；
● Chr9p21區(qū)域僅轉(zhuǎn)錄一個(gè)非編碼的長(zhǎng)鏈非編碼RNA---ANRIL；
● ANRIL臨近2個(gè)基因，CDKN2A和CDKN2B，均參與細(xì)胞周期調(diào)控；
● 研究提示ANRIL可以募集表觀調(diào)控因子引發(fā)CDKN2A/2B的DNA甲基化。
科學(xué)假設(shè)：
● 探討CDKN2A/2B的DNA甲基化是否可能增加主動(dòng)脈弓鈣化的發(fā)生風(fēng)險(xiǎn)
研究方法：
缺血性腦卒中患者322例，其中存在主動(dòng)脈弓鈣化患者248例，無(wú)主動(dòng)脈弓鈣化患者74例。MethylTarget目的區(qū)域甲基化檢測(cè)技術(shù)檢測(cè)患者血液樣本CDKN2A/2B啟動(dòng)子區(qū)CpG島甲基化水平(共36個(gè)CpG位點(diǎn))
研究結(jié)果：
● 動(dòng)脈鈣化患者CDKN2B甲基化水平顯著高于不存在鈣化的缺血性腦卒中患者；
● CDKN2B甲基化水平與患者動(dòng)脈鈣化指標(biāo)對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換成正相關(guān)（矯正rs4977574的影響）；
研究結(jié)論：
CDKN2B高甲基化可能提示缺血性腦卒中患者有更高的動(dòng)脈弓鈣化風(fēng)險(xiǎn)。

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動(dòng)物領(lǐng)域研究

 

Dietary betaine supplementation in hens modulates hypothalamic expression of cholesterol metabolic genes in F1 cockerels through modification of DNA methylation

母雞補(bǔ)充甜菜堿可以通過(guò)DNA甲基化修飾來(lái)調(diào)控F1代公雞下丘腦膽固醇代謝相關(guān)基因的表達(dá)

單位：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物健康與食品安全國(guó)際合作聯(lián)合實(shí)驗(yàn)室

時(shí)間：2018年3月
期刊名：Comparative Biochemistry and Physiology, Part B     
影響因子： 1.757
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天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測(cè)技術(shù)動(dòng)物領(lǐng)域再發(fā)新文。
 

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動(dòng)物領(lǐng)域研究

 
Dietary betaine supplementation increases adrenal expression of steroidogenic acute regulatory protein and yolk deposition of corticosterone in laying hens
補(bǔ)充甜菜堿促進(jìn)蛋雞類固醇激素合成急性調(diào)節(jié)蛋白和卵黃沉積腎上腺皮質(zhì)酮的表達(dá)
單位：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物生理生化重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室
時(shí)間：2017年12月
期刊名：Poultry Science       
影響因子： 1.908
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天昊目的區(qū)域甲基化MethylTarget?檢測(cè)技術(shù)動(dòng)物領(lǐng)域首發(fā)新文。

天昊生物

作為國(guó)內(nèi)唯一提供基于二代測(cè)序平臺(tái)的目的區(qū)域甲基化檢測(cè)項(xiàng)目的科研服務(wù)公司，我們感謝客戶的信任和選擇。在過(guò)去的一年半中，MethylTarget?技術(shù)平臺(tái)已經(jīng)完成項(xiàng)目近150個(gè)，合作的單位包括復(fù)旦大學(xué)、上海交通大學(xué)、中科院、浙江大學(xué)、南京醫(yī)科大學(xué)、三軍大、北京協(xié)和醫(yī)院、湘雅醫(yī)學(xué)院、南京農(nóng)大、安徽醫(yī)科大學(xué)、成都軍區(qū)總醫(yī)院、新疆醫(yī)科大學(xué)、中南大學(xué)等等單位。相信我們的MethylTarget?技術(shù)會(huì)有更多“昊文章”，敬請(qǐng)期待！