2018年乳腺癌--分子遺傳學領域最新研究進展一覽

發(fā)稿時間：2018-05-25來源：天昊生物

 

近日，小編閑來無事，以cancer和sequencing為關鍵詞在PubMed上搜索發(fā)現(xiàn)乳腺癌（breast cancer）相關的以測序為主要內(nèi)容的文章自2018年以來出現(xiàn)地更多，下邊就由小編隨文章影響因子排序挑選部分研究簡單介紹下吧…（文章后附有天昊相應的技術服務）

 

1. Transcriptional profiles of different states of cancer stem cells in triple- negative breast cancer, Molecular Cancer, 2018.2, IF: 6.204

關鍵詞：三陰乳腺癌，癌癥干細胞，全轉錄組測序

乳腺癌干細胞（BCSC）被認為是腫瘤初發(fā)、轉移和復發(fā)的重要原因，通過分離BCSC能夠篩選諸如ALDH⁺或CD24^-CD44⁺的標志物。事實上，同時表達這些標志物的細胞其腫瘤發(fā)生和侵襲的能力最強。表達某一種BCSC標志物的細胞其轉錄組表征相關的研究已有出現(xiàn)，但是同時表達這些標志物，具有最強致瘤性的BCSC的轉錄組研究還未曾出現(xiàn)。

因此這項研究結合這兩類標志物的表達將三陰性乳腺癌患者來源的BCSC分成四類，利用全轉錄組測序系統(tǒng)地比較三組的表達特征，以ALDH^-和non- CD24^-CD44⁺為對照。特別是在ALDH⁺CD24^-CD44⁺組中發(fā)現(xiàn)了P4HA2, PTGR1和RAB40B潛在的診斷標志物，這些標志物與BCSC的狀態(tài)及三陰乳腺癌細胞的腫瘤生長相關。

 

天昊生物 全轉錄組測序技術參數(shù)（參考）

 

 

[1] Liu M, Liu Y, Deng L, Wang D, He X, et al. (2018) Transcriptional profiles of different states of cancer stem cells in triple-negative breast cancer. Mol Cancer 17: 65.

 

2. Exome sequencing and case-control analyses identify RCC1 as a candidate breast cancer susceptibility gene, International Journal of Cancer, 2018.6, IF: 6.513

關鍵詞：全外顯子測序，家系

乳腺癌作為一種遺傳性疾病，但是已知的基因只能解釋很少的一部分案例。為了解釋突尼斯人群體中乳腺癌的分子機制，這項研究對6例BRCA1/BRCA2突變陰性的家族性的乳腺癌患者進行了全外顯子測序。

結果在患者germline DNA樣本中發(fā)現(xiàn)了一種新的移碼突變，RCC1。隨后大樣本驗證發(fā)現(xiàn)在153例患者中的5例也出現(xiàn)了19 bp的缺失（3%, p = 0.0015），而400例對照樣本中并未出現(xiàn)。這種缺失主要集中在具有乳腺癌家族史的患者中（4%, p = 0.0009）。突變攜帶者中4/6出現(xiàn)了等位基因的缺失，這說明RCC1的異?？赡茉谀[瘤進展過程中帶來不利的影響。因此RCC1可能是突尼斯人群體中乳腺癌的一個易感基因。

 

天昊生物 腫瘤組織和cfDNA全外顯子捕獲測序鏈接

 

http:// www.geneskybiotech.com/service/cancer-wes/

 

[2] Riahi A, Radmanesh H, Schurmann P, Bogdanova N, Geffers R, et al. (2018) Exome sequencing and case-control analyses identify RCC1 as a candidate breast cancer susceptibility gene. Int J Cancer 142: 2512-2517.

 

3. DNA Methylation Signatures Predicting Bevacizumab Efficacy in Metastatic Breast Cancer, Theranostics, 2018.3, IF: 8.712

關鍵詞：甲基化，450k芯片，貝伐單抗

乳腺癌中有關預測貝伐單抗（Bevacizumab）治療反應的標志物從未出現(xiàn)，由于表觀遺傳學修飾能夠異常調(diào)控血管生成并且導致治療抗性，因此這項研究集中在DNA甲基化對貝伐單抗效率的影響。

首先利用450k芯片對36例HER2陰性轉移性乳腺癌患者的FFPE樣本進行全基因組范圍內(nèi)甲基化表征，根據(jù)治療反應在responders (R)和non-responders (NR)組間發(fā)現(xiàn)48個基因存在差異的甲基化位點（learning set階段, OR = 101, p < 0.0001）。然后在optimization set階段利用targeted bisulfite sequencing對48個基因的361CpG位點進一步驗證，篩選出9個基因的CpG位點能夠顯著區(qū)分learning set中的兩組（OR = 40, p < 0.001, AUC = 0.91）。進一步縮小的3個基因的甲基化模型顯示R組有更長的無進展生存期（PFS），多變量分析顯示其能夠更好地區(qū)分R和NR組（如圖）。

 

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目標區(qū)域	全基因組水平	全基因組水平	目的區(qū)域水平	單點水平
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數(shù)據(jù)量/樣本	90G		-
平均測序深度	20×		1000×
數(shù)據(jù)分析類型	定量	定量	定量	定性/定量

 

[3] Gampenrieder SP, Rinnerthaler G, Hackl H, Pulverer W, Weinhaeusel A, et al. (2018) DNA Methylation Signatures Predicting Bevacizumab Efficacy in Metastatic Breast Cancer. Theranostics 8: 2278-2288.

 

4. Comprehensive mutation and copy number profiling in archived circulating breast cancer tumor cells documents heterogeneous resistance mechanisms, Cancer Research, 2018.2, IF: 9.122

關鍵詞：CTC，單細胞測序，全外顯子測序，拷貝數(shù)變異（CNA）

尋找藥物抗性的原因在癌癥相關研究中是一項巨大挑戰(zhàn)，而癌癥抗性機制相關的異質(zhì)性的程度尚不清楚。這項研究借助二代測序技術分析晚期癌癥患者的循環(huán)腫瘤細胞（CTC），以探尋靶向治療抗性的機制。

通過比較CTC和轉移性組織的基因組特征發(fā)現(xiàn)85%的一致性，即至少存在一個或更多的體細胞突變和CNA，兩者之間也存在不一致的genomic alterations。CTC分析也發(fā)現(xiàn)了多種激素治療抗性的分子機制，包括個體CTC的雜合性缺失。CTC基因組和組織基因組信息能夠很好的互補，精準的聯(lián)合治療可能對晚期乳腺癌患者的靶向治療更加有效。

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天昊客戶最新的CNV高分paper來襲！----近日，天昊生物CNVplex^?高通量DNA拷貝數(shù)檢測技術助力蛋白質(zhì)組學國家重點實驗室周鋼橋教授和賀福初院士課題組，在著名胃腸病學雜志Gastroenterology(IF:18.392)上發(fā)表了“Germline Duplication of SNORA18L5 Increases Risk for HBV-related Hepatocellular Carcinoma by Altering Localization of Ribosomal Proteins and Decreasing Levels of p53”。（小編后續(xù)會對這篇文章詳細解讀）

 

[4] Paoletti C, Cani AK, Larios JM, Hovelson DH, Aung K, et al. (2018) Comprehensive Mutation and Copy Number Profiling in Archived Circulating Breast Cancer Tumor Cells Documents Heterogeneous Resistance Mechanisms. Cancer Res 78: 1110-1122.

 

5. Identifying and Targeting Sporadic Oncogenic Genetic Aberrations in Mouse Models of Triple Negative Breast Cancer, Cancer Discovery, 2018.3, IF: 20.011

關鍵詞：全外顯子測序，RNA測序

三陰性乳腺癌（TNBC）在遺傳上通常表現(xiàn)出TP53的異常以及一些常見oncogene低頻的點突變，導致其靶向治療的困難。這項研究結合全外顯子測序和RNA測序在TNBC的小鼠模型中發(fā)現(xiàn)一些異常的體細胞突變，這些突變或由Trp53單獨的缺失驅(qū)動，或與Brca1一同缺失所驅(qū)動。擴增或者易位分別能夠?qū)е乱恍┠[瘤蛋白水平的上升或融合，而腫瘤抑制基因的移碼突變在接近50%的腫瘤中被發(fā)現(xiàn)。研究還發(fā)現(xiàn)多數(shù)遺傳變異能夠激活MAPK/PI3K通路，更重要的是一些藥物能夠有效地針對體細胞變異的靶點實現(xiàn)對腫瘤的抑制。

 

天昊生物 mRNA測序鏈接

http://www.geneskybiotech.com/service/transcriptome-rna-seq/

 

[5] Liu H, Murphy CJ, Karreth FA, Emdal KB, White FM, et al. (2018) Identifying and Targeting Sporadic Oncogenic Genetic Aberrations in Mouse Models of Triple-Negative Breast Cancer. Cancer Discov 8: 354-369.

 

6. A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers, Cancer Cell, 2018.4, IF: 27.407

關鍵詞：多組學，DNA，RNA，蛋白組，組織病理，婦科癌癥

這項研究對來源于TCGA的4種婦科癌癥及乳腺癌共2579例腫瘤樣本的分子數(shù)據(jù)進行整合分析，其目的在于發(fā)現(xiàn)一些共享的或獨特的分子特征、臨床上重要的亞型及潛在的治療靶點。結果發(fā)現(xiàn)了61個體細胞拷貝數(shù)變異（SCNA）和46個顯著突變的基因（SMG），其中11個SCNA和11個SMG并沒有在先前的TCGA研究中被發(fā)現(xiàn)。對轉錄組數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)了功能上重要的雌激素受體（ER）調(diào)控的lncRNA及gene/lncRNA相互作用網(wǎng)絡。通路分析發(fā)現(xiàn)了高白細胞浸潤的亞型，存在免疫治療的可能，利用16個重要的分子特征發(fā)現(xiàn)了5個預后相關的亞型。

 

天昊生物 為您提供多組學分析方案（人基因組、轉錄組、表觀組等）

 

[6] Berger AC, Korkut A, Kanchi RS, Hegde AM, Lenoir W, et al. (2018) A Comprehensive Pan-Cancer Molecular Study of Gynecologic and Breast Cancers. Cancer Cell 33: 690-705 e699.

 

7. Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing, Cell, 2018.5, IF: 30.41

關鍵詞：單細胞測序（DNA/RNA），外顯子測序，化療抗性，clone進化

三陰乳腺癌是一種極具侵略性的乳腺癌亞型，頻繁地表現(xiàn)出化療抗性。然而一個懸而未決的問題是：化療抗性是由一些罕見的已存在的clone還是由一些新的基因組變異所引起？為了解決這個問題，這項研究利用單細胞DNA和RNA測序以及組織樣本外顯子測序技術分析20例三陰乳腺癌患者在新輔助化療（NAC）治療期間的縱向樣本。深度外顯子測序發(fā)現(xiàn)10位患者NAC導致clone消失，而10位患者治療后clone一直存在。在8位患者中利用單細胞測序發(fā)現(xiàn)具有抗性的基因型是預先存在的，而且被NAC適應性地選擇，而轉錄組特征是隨化療反應后天改變的。

 

 

[7] Kim C, Gao R, Sei E, Brandt R, Hartman J, et al. (2018) Chemoresistance Evolution in Triple-Negative Breast Cancer Delineated by Single-Cell Sequencing. Cell 173: 879-893 e813.