SSR近期研究進(jìn)展速覽(三)

發(fā)稿時(shí)間：2018-04-11來(lái)源：天昊生物

1、青藏高原螺旋灌木:高山繡線菊和蒙古繡線菊(薔薇科)的多位點(diǎn)系統(tǒng)地理學(xué)和古地理重建

 

發(fā)表雜志：Mol Phylogenet Evol.   發(fā)表時(shí)間：2018-2-17     影響因子：3.96

山區(qū)生物多樣性豐富的一個(gè)常見(jiàn)假設(shè)是隆起驅(qū)動(dòng)的多樣化。本文采用多位點(diǎn)分析方法，研究了青藏高原(QTP)隆升和區(qū)域氣候波動(dòng)對(duì)高山繡線菊和蒙古繡線菊兩種姊妹灌木遺傳多樣性的影響。結(jié)合古地理重建模型，研究了不同氣候事件下該物種目前和過(guò)去的預(yù)測(cè)分布。研究表明，末次冰期間冰期持續(xù)的后退和擴(kuò)張脈沖，加上QTP的升高，決定了這些物種的分布。所有群體均表現(xiàn)出高水平的遺傳多樣性?；?/span>cpDNA標(biāo)記的種群內(nèi)平均基因多樣性，高山繡線菊為0.383±0.052，蒙古繡線菊為0.477±0.048。對(duì)高山繡線菊和蒙古繡線菊基于SSR進(jìn)行的觀察和期望雜合度分析分別為He ( 0.72 - 0.90 ) / Ho ( 0.35 - 0.78 )和He ( 0.77 - 0.92 ) / Ho ( 0.47 - 0.77 )。古分布重建表明，物種偏好于末次冰期高原東南緣、QTP高海拔區(qū)和間冰期高原中部。基于核SSR標(biāo)記的遺傳類群結(jié)構(gòu)分析、主成分分析和遷移分析均不支持兩種物種間基因流動(dòng)的假設(shè)。然而，基于cpDNA的最大似然方法顯示兩種物種之間具有相同單倍型。

2、系統(tǒng)地理學(xué)和種群遺傳學(xué)分析揭示了印度塊菌復(fù)合體的形態(tài)

 

發(fā)表雜志：Fungal Genet Biol.   發(fā)表時(shí)間：2018-2-12     影響因子：3.05

印度塊菌是一種外生菌根子囊菌，產(chǎn)生可食子囊果。根據(jù)已知確切來(lái)源的標(biāo)本，對(duì)西南地區(qū)印度塊菌復(fù)合體的形態(tài)進(jìn)行了研究。本研究采用內(nèi)部轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)( ITS )和簡(jiǎn)單序列重復(fù)( SSR )標(biāo)記。將系統(tǒng)地理學(xué)和群體遺傳學(xué)分析相結(jié)合，檢測(cè)了31個(gè)印度塊菌的野生群體。Tuber cf. indicum和Tuber cf. himalayense是印度塊菌復(fù)合體中兩個(gè)明顯的譜系，具有明顯的系統(tǒng)地理學(xué)結(jié)構(gòu)和遺傳分化。沿江分布的單倍型特征表明，河流擴(kuò)張影響了物種的擴(kuò)散和現(xiàn)代分布格局，這些發(fā)現(xiàn)對(duì)于保護(hù)該地區(qū)塊菌的多樣性至關(guān)重要。

 

3、玉米粗縮病顯性抗性位點(diǎn)的鑒定

 

發(fā)表雜志：Sci Rep.   發(fā)表時(shí)間：2018-2-17     影響因子：3.96

玉米粗縮病( MRDD )是世界范圍內(nèi)發(fā)生的一種嚴(yán)重的玉米病毒病，尤其是在我國(guó)夏玉米產(chǎn)區(qū)，嚴(yán)重影響了玉米的產(chǎn)量和品質(zhì)?？刂?/span>MRDD的有效方法是利用抗性基因來(lái)改善易感基因型。本研究利用來(lái)自易感品系S221和抗性品系K36之間的雜交的玉米F2群體對(duì)含有抗性和敏感F2個(gè)體的兩個(gè)DNA庫(kù)進(jìn)行深度測(cè)序，并且使用傳統(tǒng)的連鎖分析來(lái)定位抗性相關(guān)基因組區(qū)域。結(jié)果表明，K36的MRDD抗性受單個(gè)顯性位點(diǎn)控制，在6號(hào)染色體的68396487 bp 69523478 bp的基因組區(qū)間內(nèi)發(fā)現(xiàn)了關(guān)聯(lián)區(qū)域。兩個(gè)簡(jiǎn)單序列重復(fù)( SSR )標(biāo)記6F29R29和6F34R34與MRDD抗性位點(diǎn)緊密連鎖。本研究結(jié)果有助于進(jìn)一步了解玉米抗MRDD的遺傳規(guī)律，為玉米抗MRDD育種提供參考。

4、百合候選轉(zhuǎn)錄因子基因SSR標(biāo)記的探索與開(kāi)發(fā)

 

發(fā)表雜志：Genes (Basel).   發(fā)表時(shí)間：2018-2-12     影響因子：3.59

百合是重要的經(jīng)濟(jì)園藝作物，因其花和球莖而被廣泛種植。本研究對(duì)百合轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了大規(guī)模的數(shù)據(jù)挖掘，以開(kāi)發(fā)與轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的微衛(wèi)星標(biāo)記(TFSSRs)。在從相關(guān)序列數(shù)據(jù)中提取的216768個(gè)unigenes中，6966個(gè)具有簡(jiǎn)單序列重復(fù)序列(SSRs)。71個(gè)SSRs與TF基因相關(guān)，這些SSRs被用于設(shè)計(jì)引物并驗(yàn)證它們作為標(biāo)記物的潛力。這71個(gè)SSRs由31個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族獲得：包括bHLH、MYB、C2 H2、ERF、C3H、NAC、bZIP等。根據(jù)PIC值篩選出14個(gè)高度多態(tài)的SSRs，并對(duì)百合種質(zhì)資源的遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行了研究。與東方和亞洲種群相比，Longiflorum的遺傳多樣性較高。通過(guò)對(duì)百合種質(zhì)資源的結(jié)構(gòu)分析，將百合種質(zhì)資源劃分為3個(gè)亞群，并根據(jù)亞洲、東方和Longiflorum亞群，采用無(wú)根鄰接樹(shù)對(duì)百合種質(zhì)資源進(jìn)行有效分離。最后，本研究發(fā)現(xiàn)46個(gè)SSR相關(guān)基因?qū)ζ咸焰呔腥居胁町惐磉_(dá)。因此，本研究新開(kāi)發(fā)的TFSSR標(biāo)記為百合的大規(guī)模基因分型、高密度和比較作圖、標(biāo)記輔助回交和分子多樣性分析提供了有力的工具。

5、大豆2號(hào)染色體上抗疫霉根腐病新位點(diǎn)RpsZS18的精細(xì)定位與鑒定

 

發(fā)表雜志：Front. Plant Sci.    發(fā)表時(shí)間：2018-1-30     影響因子：4.48

大豆疫霉根腐病(PRR)是由大豆疫霉引起的一種嚴(yán)重的世界性大豆病害。利用攜帶Rps抗性基因的大豆品種是控制該病最有效的策略。在大豆品種Zaoshu18的2號(hào)染色體上檢測(cè)到一個(gè)新的抗疫霉基因RpsZS18。本研究的目的是鑒定和精細(xì)地繪制RpsZS18。以Zaoshu18 (抗性)和Williams (感病)雜交產(chǎn)生的232個(gè)F2:3家系為作圖群體。用2號(hào)染色體上的簡(jiǎn)單序列重復(fù)( SSR )標(biāo)記對(duì)RpsZS18進(jìn)行定位。首先，通過(guò)連鎖分析鑒定了12個(gè)與RpsZS18連鎖的SSR標(biāo)記，包括兩個(gè)新開(kāi)發(fā)的SSR標(biāo)記ZCSSR33和ZCSSR46，它們分別位于基因兩側(cè)0.9和0.5 cM處。其次，根據(jù)兩親本間的序列差異，建立了基于PCR的InDel標(biāo)記，用于進(jìn)一步將RpsZS18的定位區(qū)域縮小到71.3 kb。第三，對(duì)14個(gè)大豆全基因組重排序基因型在RpsZS18區(qū)進(jìn)行了單倍型分析。在Zaoshu18中檢測(cè)到6個(gè)具有獨(dú)特單倍型序列的基因。最后，對(duì)這六個(gè)基因進(jìn)行定量實(shí)時(shí)PCR檢測(cè)，發(fā)現(xiàn)含有蛋白編碼基因(Glyma.02g245700)、pfkB碳水化合物激酶編碼基因(Glyma.02g245800 )和無(wú)功能注釋基因(Glyma.02g246300)為推測(cè)的候選PRR抗性基因。本研究為大豆抗大豆根腐病品種的選育提供了有益的信息。

6、利用基因組SSR標(biāo)記對(duì)鴨腳粟外來(lái)種質(zhì)資源的種群結(jié)構(gòu)和遺傳多樣性分析

 

發(fā)表雜志：Gene.    發(fā)表時(shí)間：2018-2-8     影響因子：2.18

鴨腳粟是重要的小米之一，因其營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高而成為糧食安全作物。谷子復(fù)雜的四倍體基因組需要大量的信息豐富的功能性DNA標(biāo)記，以用于遺傳育種。然而，從谷子中表達(dá)的序列標(biāo)簽中開(kāi)發(fā)出的簡(jiǎn)單序列重復(fù)( SSR )標(biāo)記較少。在本研究中，從公開(kāi)獲得的干旱相關(guān)EST中開(kāi)發(fā)了56個(gè)新的基因SSR標(biāo)記。43個(gè)多態(tài)性標(biāo)記用于評(píng)價(jià)多態(tài)性，PIC值在0.41～0.79之間。結(jié)果表明，分析的基因型具有較高的遺傳多樣性，平均基因多樣性為0.176，Shannon's指數(shù)為0.315?；蛄髦禐?/span>0.7721，說(shuō)明群體內(nèi)部存在較高的基因交換。采用算術(shù)平均和相鄰接樹(shù)圖的非加權(quán)成對(duì)分組方法產(chǎn)生三個(gè)主要聚類來(lái)區(qū)分基因型，PCA和PCoA分析也證實(shí)了這些結(jié)果。在分子變異分析中發(fā)現(xiàn)群體內(nèi)遺傳多樣性較高(77%)?；谪惾~斯模型的聚類分析證明了來(lái)自不同地理來(lái)源的基因庫(kù)之間的高度混合?；谌后w的聚類分析指出了一種強(qiáng)有力的“距離隔離”模式?？傮w而言，這些結(jié)果顯示出顯著高水平的多態(tài)性、足夠的遺傳多樣性和群體結(jié)構(gòu)，這擴(kuò)大了現(xiàn)代遺傳資源及其在遺傳學(xué)和基因組學(xué)的各種應(yīng)用中的用途，包括關(guān)聯(lián)作圖和育種。

7、基于SSR的陸地棉纖維品質(zhì)的八向雜交MAGIC種群關(guān)聯(lián)圖

 

發(fā)表雜志：Mol Genet Genomics.    發(fā)表時(shí)間：2018-2-1     影響因子：2.5

纖維品質(zhì)在陸地棉產(chǎn)業(yè)中占有重要地位。纖維品質(zhì)性狀作為一種復(fù)雜的數(shù)量性狀，在遺傳水平上值得研究。為了研究纖維品質(zhì)性狀的遺傳結(jié)構(gòu)，本文利用8個(gè)親本的960個(gè)品系組成的多親代間雜交(MAGIC)群體進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析。從3個(gè)地點(diǎn)的5個(gè)環(huán)境中收集了6個(gè)主要纖維性狀的可靠表型數(shù)據(jù)。表型分析表明，MAGIC株系的變異幅度和變異系數(shù)均大于父母本。從高密度遺傳圖譜中篩選出8個(gè)親本共284個(gè)多態(tài)性SSR標(biāo)記，對(duì)MAGIC群體進(jìn)行基因型分析。MAGIC群體遺傳變異豐富，連鎖不平衡( LD )衰減快( 0.76 cM )，說(shuō)明QTL的開(kāi)發(fā)具有高效的優(yōu)勢(shì)。通過(guò)混合線性模型的關(guān)聯(lián)作圖確定了與六個(gè)纖維品質(zhì)性狀相關(guān)的52個(gè)顯著位點(diǎn)；其中14個(gè)定位在報(bào)道的具有纖維相關(guān)或其他農(nóng)藝性狀的QTL區(qū)域。9個(gè)標(biāo)記顯示為控制兩個(gè)以上纖維性狀的多效性標(biāo)記。此外，兩個(gè)SSR標(biāo)記BNL1231和BNL3452被鑒定為具有多性狀的熱點(diǎn)。此外，本研究還提供了候選區(qū)域，并根據(jù)LD衰變距離篩選出6個(gè)候選基因。本研究結(jié)果為進(jìn)一步的遺傳定位提供了有價(jià)值的QTL，有助于棉花纖維品質(zhì)的分子標(biāo)記育種。

 

8、馬鈴薯品種高效鑒定的四核苷酸核心基序SSR標(biāo)記

 

發(fā)表雜志：Breed Sci.    發(fā)表時(shí)間：2017-12     影響因子：1.53

簡(jiǎn)單序列重復(fù)(SSR)是一種流行的個(gè)體指紋識(shí)別工具。長(zhǎng)核心基序(例如四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸)簡(jiǎn)單序列重復(fù)(SSRs)是首選的標(biāo)記，因?yàn)樗鼈兪狗蛛x和區(qū)分相鄰等位基因更容易。本文報(bào)道了馬鈴薯中8個(gè)新的四核苷酸SSRs。利用這8個(gè)標(biāo)記，從日本和美國(guó)獲得的76個(gè)品種中有72個(gè)被明確區(qū)分，而兩對(duì)來(lái)自自然變異的品種表現(xiàn)出相同的特征。8個(gè)SSR標(biāo)記的兩個(gè)隨機(jī)品種間的聯(lián)合同一性概率估計(jì)為1.10×10^-8，證實(shí)了所提出的SSR標(biāo)記用于馬鈴薯指紋圖譜分析的有效性。

   

 

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