【科研小助手】SSR信息不夠全，兩款小工具幫您添！

發(fā)稿時間：2018-03-06來源：天昊生物

小勤：聽說你們天昊生物的SSRseq^TM專利技術(shù)在進行SSR基因分型時，既準(zhǔn)確又高效，不僅可以“比大小”，還能“看序列”，我也準(zhǔn)備試一試。

昊昊：好啊，在正式檢測之前，我們需要對您的目標(biāo)SSR進行前期評估。您需要提供一下SSR區(qū)域及引物序列，以及重復(fù)單元組成、數(shù)目、產(chǎn)物片段大小等信息就好。

小勤：啊？！我接手師兄的課題，他走的時候只給我丟下了一堆SSR和引物序列，我要自己整理這些信息，可得數(shù)到哪一天才算是個頭?。?/span>~~

昊昊：這個你問我啊，我給您推薦兩款在線小工具，讓這些工作分分鐘搞定。

一、SSRIT - Simple Sequence Repeat Identification Tool

網(wǎng)址: http://archive.gramene.org/db/markers/ssrtool

首頁簡介：

1、設(shè)置參數(shù)：

a) 選擇期望找到的最長重復(fù)單元長度（maximum motif-length）。

b) 將FASTA格式的目標(biāo)SSR序列粘貼到文本框中，點擊“FIND SSRs”，你想要的SSR相關(guān)信息即可獲得。

SSRIT在線工具說明清楚，操作及結(jié)果呈現(xiàn)簡單明了，初學(xué)者極易上手。該工具就是有一個小缺點—網(wǎng)頁刷新有些慢，需要有些耐心哦。

二、Imperfect SSR Finder

網(wǎng)址: https://ssr.nwisrl.ars.usda.gov/

首頁簡介：

Imperfect SSR Finder在線工具分為兩頁呈現(xiàn)，第一頁同樣是對尋找的SSR信息的參數(shù)設(shè)置，該工具不僅可以尋找標(biāo)準(zhǔn)的SSR重復(fù)單元信息，而且可以根據(jù)用戶設(shè)置尋找一些不標(biāo)準(zhǔn)的SSR重復(fù)單元信息，具體設(shè)置方法分別在“Perfect SSR Minimums”和“Imperfect SSR Minimums”兩個板塊進行。

當(dāng)根據(jù)網(wǎng)頁說明設(shè)置好參數(shù)后，即可點擊屏幕左下角的“Go to Step2”按鈕。

之后，同樣的將FASTA格式的SSR序列粘貼到文本框中，點擊“Process!”即可提交信息。