【科研小助手】SSR分析利器之：POPGENE

發(fā)稿時(shí)間：2018-02-09來(lái)源：天昊生物

一、軟件簡(jiǎn)介：

POPGENE軟件是由Francis Yeh、Rongcai Yang和Timothy Boyle共同開(kāi)發(fā)的用于分析群體間及群體內(nèi)遺傳變異的一款免費(fèi)軟件。該軟件主要基于Windows操作系統(tǒng)，使初學(xué)者更容易進(jìn)行群體遺傳學(xué)分析，完成科學(xué)可靠的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)。目前最新的POPGENE版本為1.32，專(zhuān)為使用單倍體和二倍體數(shù)據(jù)分析共顯性和顯性標(biāo)記而設(shè)計(jì)的。POPGENE可以進(jìn)行常用的遺傳統(tǒng)計(jì)（例如，等位基因頻率、基因多樣性、遺傳距離、G-statistics、F-statistics）和復(fù)雜的遺傳統(tǒng)計(jì)（例如，基因流，中性檢驗(yàn)，連鎖不平衡，多位點(diǎn)結(jié)構(gòu)分析等）。軟件數(shù)據(jù)處理限制： 1400個(gè)群體，150個(gè)組，1000個(gè)位點(diǎn)和一個(gè)位點(diǎn)最多52個(gè)等位基因型數(shù)據(jù)。

軟件網(wǎng)址：https://sites.ualberta.ca/~fyeh/popgene.html

二、軟件界面及指令介紹：

 

  

 

Co-Dominant Marker：共顯性標(biāo)記，即同時(shí)能檢測(cè)出顯性和隱性等位基因，能夠區(qū)分純合和雜合基因型的遺傳標(biāo)記。

Dominant Marker：只能按有無(wú)擴(kuò)增條帶進(jìn)行分析，并且無(wú)法區(qū)分雜合基因型的遺傳標(biāo)記。

Co-Dominant Marker Data：調(diào)用co-dominant 標(biāo)記數(shù)據(jù)進(jìn)行群體遺傳分析。

Dominant Marker Data：調(diào)用dominant 標(biāo)記數(shù)據(jù)進(jìn)行群體遺傳分析。

Quantitative Trait Data：調(diào)用數(shù)量性狀數(shù)據(jù)進(jìn)行群體遺傳分析 。

  

 

1、窗口菜單Haploid Data可以分析內(nèi)容包括：

Gene Frequency：利用原始數(shù)據(jù)評(píng)估每個(gè)位點(diǎn)的基因頻率。

Allele Number：等位基因的數(shù)量統(tǒng)計(jì)。

Effective Allele Number：純合性評(píng)估。

Polymorphic Loci：具有多態(tài)性位點(diǎn)占所有位點(diǎn)百分比。

Gene Diversity：Nei’s基因多樣性評(píng)估。

Shannon Index：Shannon信息指數(shù)，基因多樣性程度的評(píng)估指標(biāo)。

Homogeneity Test：構(gòu)建雙向列聯(lián)表并對(duì)群體基因頻率進(jìn)行卡方和似然比檢驗(yàn)。

F-Statistics：對(duì)Nei’s的G_ST等進(jìn)行評(píng)估。

Gene Flow：通過(guò)G_ST或者F_ST對(duì)基因流進(jìn)行評(píng)估。

Genetic Distance：判斷 Nei’s及無(wú)偏遺傳特性和遺傳距離。

Dendrogram：用 UPGMA 繪制基于 Nei’s 遺傳距離的樹(shù)形圖。

Neutrality Test：進(jìn)行Ewens-Watterson中性檢驗(yàn)。

Two-locus LD：判斷位點(diǎn)和卡方檢驗(yàn)的配子不平衡。

Brown：計(jì)算觀察到的和預(yù)期的K值，以及群體隨機(jī)選擇到雜合位點(diǎn)的數(shù)目。

Smouse：最常出現(xiàn)的等位基因?yàn)?/span>1，其他等位基因?yàn)?/span>0。用于估計(jì)群體內(nèi)平均位點(diǎn)間相關(guān)性。

2、窗口菜單Diploid Data可以分析內(nèi)容包括：

Genotypic Frequency: 根據(jù)原始數(shù)據(jù)估計(jì)co-dominant markers在每個(gè)位點(diǎn)基因型觀察頻率。

HW Test：在隨機(jī)雜交的情況下，計(jì)算預(yù)期的基因型頻率，并且對(duì)每個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡的卡方檢驗(yàn)和似然比檢驗(yàn)，僅限于共顯性標(biāo)記。

Fixation Index：利用F_IS作為雜合子缺失或過(guò)量的評(píng)估標(biāo)準(zhǔn)。

Obs. Homozygosity：判斷給定位點(diǎn)觀察到純合子的比例。

Exp. Homozygosity：判斷隨機(jī)雜交的情況下預(yù)期純合子的比例。

三、數(shù)據(jù)格式（以Diploid Data為例）

 

 

 

四、結(jié)果展示：

文件基本信息：

 

等位基因頻率信息：

 

位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)結(jié)果：

 

 

關(guān)于天昊：

天昊生物擁有多種SSR檢測(cè)平臺(tái)及SSRseq^TM等專(zhuān)利技術(shù)，可以根據(jù)客戶項(xiàng)目需求，提供不同數(shù)量樣本和位點(diǎn)的高性?xún)r(jià)比微衛(wèi)星檢測(cè)服務(wù)。