殘忍！ 你的編程還沒入門，人家又推出了TCGA癌癥數(shù)據(jù)庫敲好用的挖掘工具！

發(fā)稿時(shí)間：2017-10-27來源：天昊生物

 

今天小編介紹的在線工具叫UALCAN，文章今年8月見刊。

 

先來看看UALCAN的自我介紹，

網(wǎng)址：http://ualcan.path.uab.edu/index.html

UALCAN是用于分析癌癥轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的界面友好型在線工具。UALCAN旨在：

a）輕松獲取公開的癌癥轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（TCGA轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)），

b）允許用戶用TCGA數(shù)據(jù)挖掘生物標(biāo)志物或?qū)Ω信d趣的潛在基因進(jìn)行數(shù)據(jù)庫驗(yàn)證，

c）提供達(dá)到文章發(fā)表級(jí)別的基因表達(dá)和基于基因表達(dá)的患者生存分析圖，

d）評(píng)估乳腺和前列腺癌分子亞型中的基因表達(dá)，

e）鏈接HPRD，GeneCards，Pubmed，TargetScan和人蛋白質(zhì)圖譜等數(shù)據(jù)庫，快速提供關(guān)于所選基因的附加信息。

接下來我們來個(gè)教學(xué)

一、 如何挖掘一個(gè)癌種的癌和癌旁差異表達(dá)基因？

Step1：點(diǎn)擊主頁右上角Analysis進(jìn)入頁面

 

Step2：左側(cè)選中感興趣的癌種

 

Step3：此時(shí)可以看到差異表達(dá)最顯著的25個(gè)基因

 

Step4：點(diǎn)擊熱圖左側(cè)的基因，可以具體看到每個(gè)基因的數(shù)據(jù)。

 

Step5：獲得表達(dá)箱圖，點(diǎn)擊visualize survival plots可以看到生存曲線。

 

 

二、如何挖掘感興趣的基因？

Step1：在pastegenesymbol里輸入1個(gè)或多個(gè)基因；在TCGAdataset里面選擇需要研究的癌種。

 

Step2：可以看到每個(gè)基因的分析結(jié)果和更多信息擴(kuò)展。

 

Step3：以EZH2基因?yàn)槔?，點(diǎn)擊獲得的表達(dá)量圖和生存曲線，注意可以進(jìn)行更細(xì)致的分析

 

比如按case對(duì)人群分類

 

 

三、在主頁選擇geneclasses，可以對(duì)某些癌癥特定的基因集進(jìn)行分析，后續(xù)的操作和前面差別不大，大家自己嘗試一下吧！