PceRBase：第一個植物ceRNA數(shù)據(jù)庫

發(fā)稿時間：2017-06-07來源：天昊生物

 

摘要：植物ceRNA數(shù)據(jù)庫簡介

通過全轉(zhuǎn)錄組測序的方法，我們可以很容易獲得mRNA、lncRNA、miRNA和circRNA等多種RNAs的轉(zhuǎn)錄信息，經(jīng)過生物信息學(xué)分析，就可以發(fā)現(xiàn)它們之間可能的調(diào)控關(guān)系。競爭性內(nèi)源RNA（competing endogenous RNAs，ceRNA）就是miRNA通過其應(yīng)答元件（microRNA response elements，MREs）與mRNA、lncRNA、circRNA等不同類型RNAs競爭性的結(jié)合，來調(diào)控彼此表達(dá)的一種機制，它為解析生物體基因表達(dá)調(diào)控提供了全新的視角。雖然第一個ceRNA pair是在擬南芥中被發(fā)現(xiàn)的，但是目前關(guān)于ceRNA的研究主要還是集中在人類醫(yī)學(xué)及腫瘤等熱點領(lǐng)域，相關(guān)數(shù)據(jù)庫也有很多，比如CeRDB、LnCeDB、StarBase v2.0、miRSponge、Linc2GO等，而植物領(lǐng)域的ceRNA研究正處在初見端倪、蓄勢待發(fā)的階段，今天小編就給大家介紹一個植物ceRNA有用的數(shù)據(jù)庫。

數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址：http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp

Plant ceRNA database (PceRBase)利用mRNA、lncRNA和miRNA序列信息來發(fā)掘可能的ceRNA（i.target-target，即有完全匹配的miRNA應(yīng)答元件; ii.target-mimicpairs即有不完全匹配的miRNA應(yīng)答元件）。目前，PceRBase囊括了來自26種植物的696,756個ceRNAtarget-targetpairs和167,608個target-mimicpairs。用戶在查詢已有的ceRNA信息的同時，還可以通過將自己的序列信息和表達(dá)數(shù)據(jù)提交到PceRBase數(shù)據(jù)庫中來進行預(yù)測。

網(wǎng)站介紹:

1)    Browse

包含了26種植物種類及相關(guān)的target-target和target-mimic信息。

2）Search

包含Simple Search和BLAST Search兩種方法。

a)     Simple Search

這里可以用transcript (輸入Locus ID)或者用miRNA (輸入miRNA名稱)進行搜索：

搜索結(jié)果如下：

或者用miRNA (輸入miRNA名稱)進行搜索：

搜索結(jié)果如下：

b)    BLAST Search

這里可以通過輸入序列進行搜索：

之后勾選感興趣ceRNA pair結(jié)果，點擊“Gene Set Analysis”或者“Display in Viewer”，進行相關(guān)的GO統(tǒng)計和Network展示，如下圖所示：

3）Predict

Step 1：選擇ceRNA類型，包括Target-target ceRNA和Both target-target and target-mimic ceRNA

Step 2：輸入miRNA序列

Step 3：輸入RNA transcript序列

Step 4：按要求輸入?yún)?shù)和郵箱

點擊“GO”之后，就會獲得相應(yīng)的ceRNA列表。

4）其他選項

其他選項包括對自己感興趣的Network的提取（My Network），對數(shù)據(jù)庫信息的簡單統(tǒng)計（Statistics），相關(guān)數(shù)據(jù)下載（Download）以及網(wǎng)站的詳細(xì)使用說明（Document），感興趣的可以點擊查看。

參考文獻：

1、Chunhui Yuan, et al. (2016) PceRBase: a database of plant competing endogenous RNA. Nucleic Acids Res., 45,1009-1014.

2、Franco-Zorrilla, et al.(2007) Target mimicry provides a new mechanism for regulation ofmicroRNA activity. Nat. Genet., 39, 1033-1037.

3、Sarver,A.L. and Subramanian,S. (2012) Competing endogenousRNA database. Bioinformation, 8, 731-733.

4、Das,S., et al. (2014) lnCeDB:database of human long noncoding RNA acting as competingendogenous RNA.PLoS One, 9, e98965.

5、Li,J.H., et al. (2014) starBasev2.0: decoding miRNA-ceRNA, miRNA-ncRNA and protein-RNAinteraction networks from large-scale CLIP-Seq data. Nucleic AcidsRes., 42, D92-D97.

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技術(shù)優(yōu)勢：

?rRNA去除建庫，保留了完整的RNA種類信息；

?鏈特異性文庫，可以保留轉(zhuǎn)錄本的鏈信息，更準(zhǔn)確地檢測反義RNA；

?使用高通量測序，能夠獲得更加全面的RNA信息，包括低豐度的RNA；

?通過測定的序列信息精確地分析不同類型RNA的表達(dá)豐度變化及其生物學(xué)功能；

?整合分析同一樣本中的多種類型RNA，明確這些RNA之間的共表達(dá)和調(diào)控關(guān)系；

技術(shù)參數(shù)