如今微生物多樣性研究熱度持續(xù)高漲,而從大型微生物組的研究分析來看,人類微生物組所占的百分比最大,人類以及為人類服務(wù)的實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的微生物相關(guān)研究共占據(jù)了全部研究的66%。
目前擴(kuò)增子測(cè)序在人類健康相關(guān)疾病微生物研究中使用越來越廣泛,但是大家苦于找尋自己所研究疾病的相關(guān)擴(kuò)增子測(cè)序文章,下面我們就盤點(diǎn)一下使用擴(kuò)增子測(cè)序技術(shù)對(duì)各種疾病進(jìn)行微生物研究的典型案例!
消化道疾病
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
The pervasive effects of an antibiotic on the human gut microbiota, as revealed by deep 16S rRNA sequencing |
PLoS Biology |
4.587 |
2008 |
個(gè)人在服用環(huán)丙沙星前后糞便樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V3,V6區(qū)測(cè)序 |
Towards the Human Colorectal Cancer Microbiome |
Plos one |
3.057 |
2011 |
來自6個(gè)接受了切除手術(shù)的原發(fā)性結(jié)腸腺癌患者癌組織和和癌旁粘膜樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V1-V3區(qū)測(cè)序 |
Structural segregation of gut microbiota between colorectal cancer patients and healthy volunteers |
The ISME Journa |
9.328 |
2012 |
46例結(jié)直腸癌患者和56例健康對(duì)照志愿者的糞便樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V3區(qū)測(cè)序 |
Co-occurrence of driver and passenger bacteria in human colorectal cancer |
Gut Pathogens |
2.816 |
2014 |
正常腸道組織樣本(n=10),腺瘤性息肉組織樣本(n=10),腫瘤組織樣本(n=8) |
細(xì)菌16S rDNA V1-V2區(qū)測(cè)序 |
Impacts of infection with different toxigenic Clostridium difficile strains on faecal microbiota in children |
Scientific Reports
|
5.228 |
2014 |
28-48月大的14個(gè) (CDAD A+B+)感染兒童,23個(gè) (CDAD A–B+)感染兒童,43個(gè)健康兒童糞便 |
細(xì)菌16S rDNA V1-V3區(qū)測(cè)序 |
呼吸道疾病
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
Insights into the respiratory tract microbiota of patients with cystic fibrosis during early Pseudomonas aeruginosa colonization |
Springer Plus |
0.982 |
2015 |
5個(gè)囊性纖維化患者16–39 個(gè)月的20個(gè)痰樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V3-V4區(qū)測(cè)序 |
Composition and dynamics of the respiratory tract microbiome in intubated patients |
Microbiome |
9.0 |
2016 |
15個(gè)呼吸衰竭受試者的上呼吸道口咽和深部氣管分泌物樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V6區(qū)測(cè)序 |
Dysbiosis of upper respiratory tract microbiota in elderly pneumonia patients |
The ISME Journa |
9.328 |
2016 |
100位年齡》60歲的老年肺炎患者,27位年齡18歲-60歲的青年肺炎患者;91位健康的老年人和187位健康的青年人的口咽樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V5-V7區(qū)測(cè)序 |
生殖道疾病
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
Temporal and spatial variation of the human microbiota during pregnancy |
PNAS |
9.423 |
2015 |
49名18歲及以上的孕婦每一周以及產(chǎn)后的陰道、大便、唾液和牙齒/牙齦樣本 |
細(xì)菌16S rDNA擴(kuò)增子測(cè)序 |
Cervicovaginal Bacteria Are a Major Modulator of Host Inflammatory Responses in the Female Genital Tract
|
Immunity |
24.082 |
2015 |
94個(gè)無癥狀婦女陰道陰道棉簽擦拭樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V4區(qū)擴(kuò)增子測(cè)序 |
Metabolicsignatures of bacterial vaginosis |
mBIO |
6.786 |
2015 |
40個(gè)健康女性和20個(gè)細(xì)菌性陰道炎患者的聚氨酯泡沫拭子、陰道灌洗液、子宮頸灌洗液 |
細(xì)菌16S rDNA V3-V4區(qū)測(cè)序 |
口腔疾病
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
A Filifactor alocis-centered co-occurrence group associates with periodontitis across different oral habitats |
Scientific Reports
|
5.228 |
2015 |
牙周炎患者和健康志愿者的唾液,牙齦上菌斑,牙齦下菌斑樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V3-V4區(qū)測(cè)序 |
Prediction of Early Childhood Caries via Spatial-Temporal Variations of Oral Microbiota |
Cell Host & Microbe |
12.552 |
2015 |
未患齲齒兒童;患有輕微齲齒兒童;患有嚴(yán)重齲齒兒童的唾液和牙菌斑樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V1-V3區(qū)測(cè)序 |
Cigarette smoking and the oral microbiome in a large study of American adults |
The ISME Journal |
9.328 |
2016 |
從未吸過煙的志愿者;有過吸煙史但已戒煙的志愿者;一直吸煙志愿者的口腔樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V3-V4區(qū)測(cè)序 |
皮膚疾病
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
Topographic persity of fungal and bacterial communities in human skin |
Nature |
38.138 |
2013 |
十位健康成年人身上收集的易發(fā)生真菌性皮膚病的十四個(gè)皮膚部位拭子樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V3-V4區(qū)測(cè)序;真菌18SrDNA V1-V6區(qū)擴(kuò)增子測(cè)序,;真菌ITS1擴(kuò)增子測(cè)序 |
Intestinal microbiome analyses identify melanoma patients at risk for checkpoint-blockade-induced colitis |
Nature communications |
11.329 |
2016 |
34名患黑色素瘤并且接受依普利姆瑪治療的病人糞便樣本(24名沒有患腸炎;10名患腸炎組) |
細(xì)菌16S rDNA V4-V5區(qū)測(cè)序 |
免疫性疾病
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
Decreased Bacterial Diversity Characterizes the Altered Gut Microbiota in Patients With Psoriatic Arthritis, Resembling Dysbiosis in Inflammatory Bowel Disease |
Arthritis Rheumatol |
6.009 |
2015 |
17個(gè)銀屑病關(guān)節(jié)炎患者,15個(gè)牛皮癬患者,17個(gè)健康志愿者糞便樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V1-V2區(qū)測(cè)序; |
Intestinal Dysbiosis in Ankylosing Spondylitis |
Arthritis Rheumatol |
6.009 |
2015 |
9個(gè)強(qiáng)直性脊柱炎患者,9個(gè)健康對(duì)照的糞便樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V4區(qū)測(cè)序 |
心腦血管疾病
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
Human oral, gut, and plaque microbiota in patients with atherosclerosis |
PNAS |
9.423 |
2015 |
15個(gè)正常人和15個(gè)動(dòng)脈粥樣硬化患者的動(dòng)脈粥樣硬化斑塊,腸道,口腔樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V1-V2區(qū)測(cè)序 |
Microbiota Dysbiosis Controls the Neuroinflammatory Response after Stroke |
The Journal of Neuroscience |
5.924 |
2016 |
誘導(dǎo)中風(fēng)小鼠和正常小鼠的糞便樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V1-V3區(qū)測(cè)序 |
Commensal microbiota affects ischemic stroke outcome by regulating intestinal γδ T cells |
Nature medicine |
30.357 |
2015 |
利用抗生素清除腸道微生物后的小鼠和一組對(duì)照小鼠的糞便樣本,然后中風(fēng)誘導(dǎo) |
細(xì)菌16S rDNA V4-V5區(qū)測(cè)序 |
神經(jīng)性疾病
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
Reduced diversity and altered composition of the gut microbiome in individuals with myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome |
Microbiome |
9.0 |
2016 |
48例肌痛性腦脊髓炎/慢性疲勞綜合征患者和39例對(duì)照受試者的糞便樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V4區(qū)測(cè)序 |
Reduced incidence of Prevotella and other fermenters in intestinal microflora of autistic children
|
Plos one |
3.057 |
2013 |
20名正常人和20個(gè)自閉癥兒童的糞便樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V2-V3區(qū)測(cè)序 |
Fecal microbiota and metabolome of children with autism and pervasive developmental disorder not otherwise specified
|
Plos one |
3.057 |
2013 |
10名廣泛性發(fā)展障礙兒童,10名自閉癥兒童和10名正常兒童糞便樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V1-V3區(qū)測(cè)序 |
乳腺癌
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
The Microbiome of Aseptically Collected Human Breast Tissue in Benign and Malignant Disease |
Scientific Reports
|
5.228 |
2016 |
乳腺癌患者和良性腫瘤的乳腺組織,乳房皮膚組織,乳房皮膚和口腔黏膜樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V3-V5區(qū)測(cè)序 |
The microbiota of breast tissue and its association with tumours |
Appl.Environ. Microbiol. |
3.823 |
2016 |
乳腺癌患者癌旁正常組織和健康對(duì)照組的組織 |
細(xì)菌16S rDNA V6區(qū)測(cè)序 |
代謝類疾病
英文題目 |
期刊名稱 |
影響因子 |
發(fā)表時(shí)間 |
實(shí)驗(yàn)樣品 |
測(cè)序策略 |
A core gut microbiome in obese and lean twins |
Nature
|
38.138 |
2009 |
胖瘦不同的同卵雙胞胎(31對(duì))、異卵雙胞胎(23對(duì))及其母親(46個(gè))的糞便樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V2,V6區(qū)測(cè)序 |
Gut microbiota in human adults with type 2 diabetes differs from non-diabetic adults |
Plos one |
3.057 |
2010 |
Ⅱ型糖尿病男性患者18人,正常男性18人的糞便樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V4-V6區(qū)測(cè)序 |
Fecal microbiota imbalance in Mexican children with type 1 diabetes |
Scientific Reports |
5.228 |
2014 |
8 例健康兒童,8 例初發(fā) I 型糖尿病患者, 以及 13 例已治療兩年的 I 型糖尿病患者的糞便樣本 |
細(xì)菌16S rDNA V4區(qū)測(cè)序 |
The stool microbiota of insulin resistant women with recent gestational diabetes, a high risk group for type 2 diabetes |
Scientific Reports |
5.228 |
2015 |
分娩3-16個(gè)月后的42名妊娠期糖尿病患者和35名健康者糞便樣品 |
細(xì)菌16S rDNA V4區(qū)測(cè)序 |
相信看完這些文章集錦給各領(lǐng)域的您已經(jīng)帶來思路上的啟發(fā),但是下一步的擴(kuò)增子測(cè)序又怎么能缺少天昊生物呢,來看看我們擴(kuò)增子測(cè)序絕對(duì)任性的服務(wù)吧?。?!