iMLDR? SNP分型技術(shù)助力解析中國人群肺結(jié)核易感性

發(fā)稿時(shí)間：2016-08-05來源：天昊生物

      基于中國人群的肺結(jié)核易感性關(guān)聯(lián)研究成果近日由天昊生物客戶發(fā)表在《Scientific Reports》期刊上。天昊小伙伴們感謝成都華西醫(yī)院研究團(tuán)隊(duì)對天昊生物iMLDR? SNP分型專利技術(shù)的認(rèn)可。
      這種專利技術(shù)助力客戶獲得研究成果的熱浪，小編覺得可以多來幾波~~

文章簡介

標(biāo)題：Pathway Analyses Identify NovelVariants in the WNT SignalingPathway Associated withTuberculosis in Chinese Population
期刊名稱：Scientific Reports
發(fā)表時(shí)間：2016年7月23號

研究背景

● 疾病類型：中國人群肺結(jié)核疾病（Tuberculosis，TB）
● 該病核心關(guān)鍵詞：世界1/3人群感染結(jié)核分枝桿菌，但僅有5-10%感染者會進(jìn)展為肺結(jié)核；宿主（人類）的遺傳變異參與決定肺結(jié)核易感性；
● 研究亮點(diǎn)：經(jīng)典而又全面的基于通路的復(fù)雜疾病關(guān)聯(lián)研究。

小編今天不羅列具體實(shí)驗(yàn)結(jié)果，我們就關(guān)注作者是如果對關(guān)聯(lián)研究幾個(gè)核心問題進(jìn)行設(shè)計(jì)的。

核心內(nèi)容1—選擇基因

Wnt信號通路是一種在進(jìn)化中高度保守的信號通路，在個(gè)體發(fā)育、穩(wěn)態(tài)過程以及調(diào)節(jié)宿主對病原微生物的免疫反應(yīng)等多種生物學(xué)過程中發(fā)揮重要作用。近期研究提示W(wǎng)nt信號通路參與TB的疾病發(fā)生（如：Wnt/β-連環(huán)蛋白（catenin）信號通路增強(qiáng)引發(fā)結(jié)核分枝桿菌感染細(xì)胞凋亡，促進(jìn)促炎因子TNFa和IL6的生成）。本研究選擇了這個(gè)通路的7個(gè)基因用于后續(xù)研究。

 核心內(nèi)容2—選擇SNP

● 選擇功能區(qū)SNP: 外顯子區(qū)；啟動子區(qū)；非翻譯區(qū)

● 中國北京漢族MAF>0.05

核心內(nèi)容3—樣本設(shè)置

第一階段：832例活躍TB患者和1084例年齡性別匹配對照（漢族）
第二階段：480例活躍TB患者和450例齡性別匹配對照（藏族）
TB患者納入標(biāo)準(zhǔn)：涂片/培養(yǎng)/TB-DNA陽性（排除HIV感染者，肺部或其它感染疾病患者，處于免疫抑制狀態(tài)患者
對照納入標(biāo)準(zhǔn)：同時(shí)滿足以下條件--健康獻(xiàn)血者；γ干擾素釋放試驗(yàn)分析技術(shù)結(jié)果陰性；無TB病史；體檢結(jié)果正常

 核心內(nèi)容4—統(tǒng)計(jì)方法

●  關(guān)聯(lián)分析采用邏輯回歸，基于等位基因頻率差異和3種遺傳模型（加性，顯性，隱性）

●  矯正年齡，性別，BMI協(xié)變量

●  Bonferroni多重矯正

●  單倍型關(guān)聯(lián)分析

●  GMDR軟件基因-基因互作分析

核心內(nèi)容5—獲得陽性位點(diǎn)

●  CTNNB1 基因中三個(gè)SNPs (rs9859392, rs9870255，rs3864004)的關(guān)聯(lián)結(jié)果在兩階段樣本中獲得驗(yàn)證。并且陽性結(jié)果來源于加性和顯性模型。

核心內(nèi)容6—功能驗(yàn)證

●  探討第一階段6個(gè)陽性SNP與所在基因表達(dá)水平關(guān)聯(lián)性（50例患者，29例對照）
    主要關(guān)注點(diǎn)：基因在患者/對照樣本中有表達(dá)差異嗎？3個(gè)SNP與該基因表達(dá)水平存在相關(guān)性嗎？（在79例總樣本里相關(guān)，還是僅在50例患者樣本中存在相關(guān)）

●  探討CTNNB1基因上3個(gè)陽性SNP對該基因轉(zhuǎn)錄水平的影響----基于luciferase報(bào)告基因檢測

●  探討CTNNB1基因上3個(gè)陽性SNP對該基因蛋白水平的影響（16例TB患者，健康對照）

結(jié)論：好文章離不開創(chuàng)新或者精巧的研究思路。經(jīng)典關(guān)聯(lián)研究做到如此全面細(xì)致，值得學(xué)習(xí)借鑒。