一張圖也可以發(fā)5分的文章！

發(fā)稿時間：2016-07-28來源：天昊生物

為了表明小編不是標題黨，我們先來看這篇2015年5月發(fā)表在Translational Stroke Research上的文章所有的數(shù)據(jù)：

沒錯，不要懷疑你的眼睛，你沒有看錯！除了一張臨床病人樣本選取的表格以外，只有一張圖！只有一張圖哦！哎呦，不錯呦……

不過，小編還是承認，小編是標題黨……因為這篇文章只有4.503分，差一點沒有到5分……

下面小編就和各位老師一起分析一下為什么如此簡單的實驗數(shù)據(jù)能發(fā)表還不錯的文章。

 

背景：

臨床上對于腦溢血（intracerebral hemorrhage，ICH）和缺血性卒中（ischemic stroke，IS）的病人，當病人情況比較危急無法進行影像學檢查時，是很難進行區(qū)分的。因此，準確、便宜、快速的血檢是對于臨床檢測的有效補充。

已有文章報道了卒中病人血液轉錄組表達量的變化可以作為臨床檢測的biomarker，并進一步闡述了卒中病人血液轉錄組調(diào)節(jié)免疫應答的機制，但不同剪切本在卒中病人中的情況并不清楚。

 

材料與方法：

材料：為了更精準的實驗設計，本文只選取了白人男性。心源性腦卒中（Cardioembolic IS）、大血管卒中（large vessel）、腔隙性卒中（lacunar）、腦溢血（ICH）病人及正常人對照組各4例，共20例。（上文結果中的Table所示）

方法：轉錄組測序，只關注不同剪切本。

 

結果：

1、412個基因在五組病人/對照組全血樣品轉錄組中存在不同的剪切本（differential alternative splicing，DAS），這些基因參與了細胞免疫、細胞因子、細胞死亡、存活等信號通路。

2、由于不同剪切本主要是在剪切過程中選擇不同外顯子造成的，進一步分析發(fā)現(xiàn)，292個基因的308個外顯子在五組病人/對照組中的表達量存在差異。

3、根據(jù)不同外顯子的表達情況，可將五組病人/對照組劃分開：（如上文結果中圖所示）

心源性腦卒中（Cardioembolic IS）相關剪切本集中在離子結合/轉運和細胞結構通路中；

大血管卒中（large vessel）相關剪切本集中在細胞死亡、轉錄、核染色質(zhì)重塑通路中；

腔隙性卒中（lacunar）相關剪切本集中在細胞應激、循環(huán)、死亡、生存通路中；

腦溢血（ICH）病人相關剪切本集中在蛋白轉運和定位通路中。

 

研究思路擴展：

1、卒中病人的三種不同亞型研究，其實可類推之其它任意疾病的不同臨床表現(xiàn)，如同一癌種的不同亞型。

2、本文能發(fā)表高分文章的主要原因是臨床意義，在急性病人無法影像學檢測的情況下，可以使用血檢來進行輔助診斷。也就是說無論各位老師要開展什么樣的臨床病人科研項目，必須是臨床有表型差異的病人，做出結果后，也要回歸臨床，解釋臨床問題。

3、本文只是關注了不同剪切本的表達差異，但轉錄組測序在檢測mRNA表達量的同時，可進一步挖掘可變剪切（如新轉錄本的發(fā)現(xiàn)、低豐度轉錄本檢測、新的剪切方式等）、融合基因、外顯子區(qū)域的突變（SNV）等信息，為各位老師的科研提供更多可挖掘的數(shù)據(jù)和創(chuàng)新點，也就是說一次轉錄組測序可以分開發(fā)表若干篇文章！

4、轉錄組測序在檢測mRNA表達量的同時，也檢測到了發(fā)揮調(diào)節(jié)作用的ceRNA（lncRNA、circRNA），再加上miRNA測序，就能進一步挖掘調(diào)控網(wǎng)絡，通過幾個簡單的細胞實驗，闡明mRNA表達量改變的機理，那么文章的影響因子自然就會更上一層樓!

 

參考文獻：

Dykstra-Aiello C, Jickling G C, Ander B P, et al. Intracerebral hemorrhage and ischemic stroke of different etiologies have distinct alternatively spliced mRNA profiles in the blood: a pilot RNA-Seq study[J]. Translational stroke research, 2015, 6(4): 284-289.